霍乱弧菌新类型溶源性噬菌体基因组结构研究_医学论文.docVIP

霍乱弧菌新类型溶源性噬菌体基因组结构研究_医学论文 霍乱弧菌新类型溶源性噬菌体基因组结构研究_医学论文 作者：芮勇宇，阚飙，高守一，刘延清，祁国明 【关键词】 霍乱弧菌；噬菌体；序列分析, 　　摘要：目的 研究霍乱弧菌埃尔托型（EVC）新类型溶源性噬菌体（CTXφ）和核心区不含ctxAB基因的溶源性噬菌体（nct-CTXφ）基因组的结构。方法 采用基因扩增、测序及序列生物信息学等方法进行观察与分析。结果 在我国EVC中，存在仅携带古典型（class）nct-CTXφ、CTXφ或埃尔托型（ET）CTXφ基因组类型，并发现nct-CTXclassφ和CTXETφ共存、nct-CTXnewETφ和CTXclassφ共存的新类型。CTXφ和nct-CTXφ基因组zot基因3′末端，60bp序列中40%位点不同，推测的氨基酸序列中60%位点不同。class、ET和newET类型ig1、rstR和ig2基因序列同源性分别为770%～974%，104%～179%，96%～648%，RstR同源性92%～241%。CTXφ基因组均位于染色体TLC基因簇附近。上述不同类型EVC的tcpA、TcpA、ctxA、ctxB、CtxA和CtxB与GenBank中EVC和O139群产毒株的同源性分别gt99%，99%，99%，98%，98%和96%。结论 首次在EVC中发现nct-CTXclassφ和CTXETφ、nct-CTXnewETφ和CTXclassφ共存的新类型。 　　关键词：霍乱弧菌；噬菌体；序列分析 　　Study on structures of new types of CTXφ and nct-CTXφ genomes 　　Abstract：Objective To study on structures of new types of CTXφ and nct-CTXφ genomes of EI Tor biotype vibrio cholerae.Methods PCR,sequencing and sequence analysis were conducted.Results Only nct-CTXclassφ,CTXclassφ,or CTXETφ genome type,nct-CTXclassφ and CTXETφ,nct-CTXnewETφ and CTXclassφ genomes coexisted types in EI Tor strains isolated from China were found.Different rates of last 60 bp of zot gene and Zot of CTXφ and nct-CTXφ were 40% and 60%.Identities of ig1,rstR,ig2 gene and RstR of class、ET and newET types were 77.0%～97.4%,10.4%～17.9%,9.6%～64.8%,and 9.2%～24.1% differentially.Different types of CTXφ genome were found near TLC cluster.Identities of tcpA,TcpA,ctxA,ctxB,CtxA,and CtxB of strains in this study with others toxic EVC and O139 VC were over 99%,99%,99%,98%,98%,and 96%.Conclusion nct-CTXclassφ and CTXETφ,nct-CTXnewETφ and CTXclassφ genomes coexisted types in EI Tor were found first. 　　Key words：vibrio choleraephage sequence analysis 　　霍乱弧菌(VC)的溶源性噬菌体（CTXφ）与新类型霍乱病原菌的产生密切相关，CTXφ基因组包括RS区和核心区。RS区依次包括ig1间隔区、rstR、ig2间隔区、rstA、rstB和rstC基因。其中主要变异基因为抑制子基因（rstR）及ig2，国外已报道了3种类型，分别发现于O1群霍乱弧菌古典生物型（CVC）、埃尔托生物型（EVC）和O139群VC，GenBank序列号分别为VCU83796、AF055890、AF110029，本文暂时命名为古典型（class）、埃尔托型（ET）和加尔各答型（calc）〔1- 5〕。核心区依次包括cep、orfU、ace、zot和ctxAB基因，核心区不携带ctxAB基因的CTXφ