为什么生物图像信息学是重要的？.pdfVIP

生 命 科 学 为什么生物图像 重要的-p． 李升伟 ／编译 项是海曼和埃希韦里的研究．他们系统地敲除了秀丽 隐杆线虫中的每个基 因来观察其中哪个对有丝分裂 有关键性的影响 在这两项研究中，“读出结果”都是 一 些从光学显微镜 中得到的图像 ．它们有效地指导了 对细胞内部中尺度图像的在体观察。尽管研究人员们 已经能够对这些图像进行数字式捕获 ，他们还只能用 眼睛对它们进行检验 这在很大程度上是因为还没有 对这些图像进行精确分析和定量分析的软件。 10年后的今天．分子生物学家们已经可以清楚 信 地确认 ：细胞是一整套复杂的纳米规模的机器 ，它们 可以在不同的细胞周期的相位转变中进行 自我聚集 ● 息由于不断认识 到各 种空 间因子和物理 和溶解 ：细胞在空间上来说是有组织的，它拥有许多 因子对细胞过程控制和功能的重要性 ，以及直 附着在细胞膜上的亚细胞腔室：这些细胞彼此相互粘 学 接在体 内观察功能的系统遗传学探 索和努力不 连在一起、产生各种作用力 ．对应地产生各种表达的 断增加 ，生物 图像信息学得 以产生。 模式 这些知识 ，没有一项能够在似乎是基因组学 、转 是 录组学和蛋 白质组学的初级输 出结果的相互作用网 2001年底 ．人类基因组和其他几种重要模式生 络中得到捕获 ．并且．尽管是需要的，事实上这些网络 物体秀丽 隐杆线虫、黑腹果蝇和小 鼠的基 因组测序 还不足以满意地解释许多现象 ．如果这些现象真会发 工作完成 。在人们掌握 了这些生命 的遗传密码之 生的话 例如 ．细胞极性的建立还不能针对各种蛋 白 后 ，就不可避免地会产生这样的问题 ：“这些遗传密 质之间的相互作用进行满意的解释。如果要对此过程 码编码的是什么?它们又是如何和谐地谱出生命之 进行满意且可以理解的解释．需要针对肌动球蛋白和 歌的呢?”要 回答这个问题 ．有许多种不同的方法可 大脑皮层的生物物理学和空间组织来进行认识 供使用 ：比较测序 、各种模式生物体或者各种组织 生物 图像信息学 细胞 的表达分析 、染色质的免疫沉淀反应分析 、流 行病学状态 的确定 ，等等。就总体的效果来说 ．人们 由于不断认识到各种空间因子和物理因子对这 将这些对基因组序列 的分析 ．在 “系统生物学”的基 种细胞过程的控制和功能的重要性 。那些涉及到直接 础上改称为 “系统遗传学”。指的是对每种人们感兴 在体 内观察功能的系统遗传学探索和努力的数 目正 趣 的、推定 的基因组学元件进行系统地修饰 、测量 在增加之 中．这种系统遗传学的发展 ，不仅驱动了生 或者用仪器进行操作的能力 物图像信息学 (对通过光学或者电子显微镜得到的细 系统遗传学的探索性研究有两项早期的范例 ：