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一20一 江苏农业科学2013年第41卷第5期 李慧娥，郭其强，刘 柳，等．不同植物TAT基因完整编码区生物信息学分析[J]．江苏农业科学，2013，41(5)：20—23 不同植物TAT基因完整编码区生物信息学分析 李慧娥1，郭其强1，刘 柳2，兰小中1 (1．西藏农牧学院，西藏林芝860000；2．陕西师范大学食品工程与营养科学学院，陕西西安710062) 摘要：采用生物信息学方法，以已有文献报道的拟南芥、罂粟、彩叶草及丹参这4种植物7种酪氨酸转氨酶 (TAT)编码序列为研究对象，对其进行核苷酸序列及推导氨基酸序列特征分析。结果表明，7种TAT没有明显 亲水／疏水区域，属非跨膜不稳定蛋白，不存在信号肽，二级结构主要由a一螺旋和无规则卷曲组成，定位于叶绿体及 细胞质中，有TAT保守结构域，三级结构也较保守。通过对已报道植物TAT的生物信息学预测和分析，为其他植物未 知TAT克隆及功能研究提供理论参考依据。 关键词：酪氨酸转氨酶；生物信息；次生代谢 中图分类号：Q558文献标志码：A 文章编号：1002—1302(2013)05—0020—04 4一羟基苯丙酮酸是迷迭香酸、生育酚及苄基异喹啉生物 用信息为研究服务已成为生物信息学研究的热点。本文利用 生物信息学方法，以NCBI数据库中公开并已有报道的来源 碱等多种天然产物的前体¨。31。酪氨酸转氨酶(Tyrosine Aminotransferase，TAT)催化酪氨酸合成4一羟基苯丙酮酸，于4种植物的7种TAT基因完整编码序列为对象。对其核苷 TAT是许多天然产物合成的限速酶，因此TAT基因在植物代酸序列及推导氨基酸序列的跨膜区域、信号肽、疏水性／亲水 谢工程中具有广泛的应用前景。动物及真菌TAT的生化功 性、亚细胞定位、蛋白质二、三级结构以及功能等进行预测与 能和结构已被研究得很清楚H。1，已克隆植物7I．A1’除参与以 分析，以期为其他植物未知TAT克隆提供参考。 上不同次生代谢过程外，其表达还受冠菌素、损伤及茉莉酸甲 1材料与方法 酯调控B’。”1，植物TAT研究相对于动物、微生物而言，还远 未引起足够重视。生物信息学属生命科学和信息科学的交叉 1．1序列来源 ． 学科，是基因研究的重要工具之一。目前生物基因序列数据 快速增长，如何对这些数据科学收集、管理和分析，并挖掘有 丹参4种植物的7种TAT编码序列(表1)。 表1不同植物TAT序列来源 1．2分析软件 利用ProtParam(http：／／web．expasy．org／protparam)分析7 种TAT氨基酸序列组成及理化特性；利用clustalw(http：／／ www．ebi．ac．uk／Tools／msa／clustalw2)绘制系统进化树；利用 npsa—pbil．ibep．fr／csi—bin／npsa 收稿日期：2012—09—25 基金项目：国家自然科学基金(编号；早区作物逆境生物 学国家重点实验室开放基金(编号：CSBAA201l一05)；国家科技支 1 撑计划(编号：201BMl3806)；211工程师资队伍建设项目(编号： SZRC一211—14)。 作者简介：李慧娥(1979一)，女，陕西汉中人，博士，讲师，研究方向为2结果与分析 植物基因工程。Tel：(0894)5826471；E—mail：hhuiesh@126．com。 通信作者：郭其强，博士研究生，讲师，研究方向为植物分子生态。 2．1 核苷酸序列、氨基酸序列的组成成分及理化特性分析 E—mail：hnguoqlqi∞g@sina．tomo 序列分析结果(表2)表明，7种TAT中开放阅读框最短 万方数据 李慧娥等：不同植物TAT基因完整编码区生物信息学分析