基于16SrDNA和看家基因序列分析技术的鲍鱼养殖水体弧菌种类的鉴定.pdfVIP

第３３卷　第４期 应 用 海 洋 学 学 报 Ｖｏｌ３３，Ｎｏ４ 　２０１４年１１ 月 Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｏｃｅａｎｏｇｒａｐｈｙ Ｎｏｖ．，２０１４ 基于１６Ｓ ｒＤＮＡ和看家基因序列分析技术的 鲍鱼养殖水体弧菌种类的鉴定 龚　婷 ，骆祝华 ，于艳萍 ，ＪＯＳＴ Ｇｕｎｔｅｒ１ １ １ ２ （１．国家海洋局第三海洋研究所、国家海洋局海洋生物遗传资源重点实验室，福建 厦门３６１００５； ２．德国莱布尼兹波罗的海研究所，德国罗斯托克 Ｄ１８１１９） 采用ＴＣＢＳ选择性培养基从厦门某鲍鱼养殖场的养殖水体中分离到１９ 株细菌．经１６Ｓ ｒＤＮＡ 摘要： 序列分析，所有菌株均属于弧菌属（Ｖｉｂｒｉｏ），且与最近似的弧菌模式种的同源性都在９８．９９％以上． 由于弧菌种间１６Ｓ ｒＤＮＡ序列相似度极高，无法仅靠１６Ｓ ｒＤＮＡ序列比对来鉴定这些菌株到种的水 平．１６Ｓ ｒＤＮＡ序列的系统发育分析也显示，大多数菌株与弧菌模式种无法归为一簇，表明１６Ｓ ｒＤ ＮＡ基因在弧菌种的分类鉴定上分辨率不高．进一步采用基于４种看家基因（ｒｐｏＡ、ｐｙｒＨ、ｇａｐＡ和ｔｏ ｐＡ）的多位点序列分析技术（ＭＬＳＡ）对分离到的弧菌菌株进行分类鉴定，结果显示１９ 株海洋弧菌 归于溶藻弧菌（Ｖｉｂｒｉｏ ａｌｇｉｎａｌｙｔｉｃｕｓ）与魔鬼弧菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｄｉａｂｏｌｉｃｕｓ）２ 个种，表明这两种弧菌是该鲍鱼 养殖场水体环境中的优势弧菌种，在鲍鱼养殖弧菌病害防治方面需要重点关注．此外，看家基因与 １６Ｓ ｒＤＮＡ基因的多态性分析表明，４ 种看家基因的多态位点比率均高于１６Ｓ ｒＤＮＡ．４ 种看家基因 串联后的多态位点比率高达４１．１％，远高于１６Ｓ ｒＤＮＡ 基因的１３．４％，表明看家基因相较于１６Ｓ ｒＤＮＡ基因有着更高的分辨率，更适合于海洋弧菌的分类鉴定． 海洋生物学；鲍鱼；海洋弧菌；１６Ｓ ｒＤＮＡ；看家基因；多位点序列分析 关键词： ＤＯＩ：１０．３９６９／Ｊ．ＩＳＳＮ．２０９５４９７２．２０１４．０４．０１１ 中图分类号：Ｐ７３５ 文献标识码：Ａ 文章编号：２０９５４９７２ （２０１４）０４０５３１０８ 　　弧菌是海洋环境中常见的细菌类群之一，广泛 来的用于评估不同细菌菌种的亲缘关系与分类地 分布于近岸与河口海区的水体与生物体中，是海水 位的新方法，由Ｍａｉｄｅｎ 等（１９９８）首次运用于脑膜 ［２］ 养殖动物最主要的病原菌之一．弧菌科属于革兰氏 炎奈瑟菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉｃａ）分型研究 ．ＭＬＳＡ 技术主要 阴性菌 变形菌纲，包括弧菌属（Ｖｉｂｒｉｏ）、发光杆菌 通过对细菌的多个看家基因进行序列分析，通过序 γ 属（Ｐｈｏｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、萨利尼弧菌属（Ｓａｌｉｎｉｖｉｂｒｉｏ）、霍 列的变化反映菌株间的进化关系，从而对细菌菌株 利斯菌属（Ｇｒｉｍｏｎｔｉａ）、肠弧菌属（Ｅｎｔｅｒｏｖｉｂｒｉｏ）与艾 ［３］ 进行多样性的比较与分型 ．看家基因作为蛋白的 丽弧菌属 （Ａｌｉｉｖｉｂｒｉｏ）等６ 个属，弧菌科中已经被正 编码基因，其所固有的遗传密码子简并性使得ＤＮＡ ［１］ 式分类的种已经超过１１５ 个 ． 序列可以发生较多替换而不改变氨基酸序列，特别 ［４］ 由于海洋环境中弧菌的基因组存在着频繁的 适用于菌种间的区别和鉴定 ．当前，ＭＬＳＡ技术已 基因重组，导致弧菌