基于PHG并行求解非线性Poisson-Boltzmann方程的有限元方法与自适应网格生成的研究.pdfVIP

基于并行求解非线性方程 的有限 元方法及 自适应 网格生成的研究 谢妍 ，涂斌 ，卢本卓 ， 林波 （中国科学院数学与系统科学研究院科学与工程计算 国家重点实验室，北京，） 摘要 ：本文说 明了如何利用三维并行 自适应有 限元软件 包求解生物分子溶液体 系的非 线性方程及 电扩散方程 ，并介绍 了一种解决这类 问题 的新方法，它将 网格生 成与 自适应计算过程 结合在一起 ，可 自动产生合适 的网格 ，避免复杂的曲面网格生成步骤 。我 们之前 的 网格生成工作按 照 生成 高斯 曲面的三 角 网格 除 自 相 交的三角网格 提 高表 面网格质量 ，这三个步骤 。而基 于的 自适应加 密模 块我们可 以在逐次调整 网格 的 同时保持动 态 负载平衡 ，高效得到计算 网格 用于近似 求解非线 性方程 。我们计算 了小球模型和模型 ，分别从误差指示子下降阶和溶剂 化能收敛的角度验证 了新方法的有效性。 关键词：并行计算；有 限元方法； 自适应 网格生成；非线性方程 引引引言言言 非 线 性方 程作 为方 程的特 例 ，对 于研究离子溶液 中的电扩散过程具有重要意义 。在不考虑粒子 间相互作用 的前提下 ，是 一个非常合理的连续性模型，通过耦合 电势场和离子浓度 ，来描述溶液中电扩散过程 。被 经常用与模拟离子通道 和离子迁移 。 本课题得到国家基础科研项 目以及 国家 自然科学基金的资助 作者简介 ：谢妍 ，女，博士研究生，主要研究领域为计算生物 中求解偏微分方程 的并行有 限元计算 ；涂斌 ，男，博 士研究生，主要研究领域为网格生成技术和离子通道 的有 限元计算 ；卢本卓 ，男，研究员，主要研究领域为生物计算和 模拟 ； 林波，男，研究员，主要研究领域为并行计算 图一展示了 的计算区域为，其 中区域 表示的是溶剂区域 ， 表示的是溶 质区域 。区域带有光滑边界 带有光滑边界 在 上有一块红色区域 表示的是活性