化学信息学课程建设管窥.pdfVIP

D一006 化学信息学课程建设管窥 文志宁，蒲雪梅，李梦龙。 (四川大学化学学院，四川，成都，610064) 白20世纪80年代起，随着计算机科学的乜速发展，计算机智能化与网络化的趋势日益加深， 同时，现代分析科学的不断进步，为我们提供了丰富的化学数据，在这些数据当中蕴含着人量的化 学信息，徐光宪先生曾提出：“从科学发展史吞。科学数据的人昔积累，往往导致重人科学规律的发 现”…。冈此，如何从浩如烟海的数据当中提取信息，并将信息转化为知识，从中挖掘出更多、更有 价值的化学规律已成为当今化学家们迫在眉睫的任务。 现今，计算机与网络已渗透化学研究的各个领域，化学信息的收集、处理、|门纳和利用必不可 少的需要借助信息学的方法和技术，人们逐渐认识剑化学信息学对丁-现代化学研究的重要性，该分 化学信息学列入高等学校化学专业和麻川化学专业的化学教学基本内容，北京人学、南京人学、复 且人学等多所高校开设了化学信息学本科及研究生课稗，并已Ⅱ；版多种化学信息学教材[2-61。化学信 息学作为一I’J交义学科，内容的涉及面J．，包括一些数学、统计学与计算机科学的基本原理，对学 生的学习来说存在一定的难度，而且相对其它学科而言，义是一|’J新的教学课程。冈此如何选择教 学内容和教学方式是课程建殴的主要任务。 本文拟从教学内容及方法上谈谈本学院化学信息学课科的建设情况。我院开设的化学信息学作 为专业选修课程主要面向本科二、四年级的学生，总学时为48，其中理论讲授学时为39，上机实习 9学时，根据化学信息学的主要研究内容及实际运用的需要，该课拌要求学生掌握以卜-二个方面的 内容： 1)化学信息的获取。 主要分为纸质媒体布询(了解图15分类系统及分类方法、学会使JH现有的检索l：具和检索方法 奄阅馆藏的科技文献和l；籍)和电子媒体布洵(了解Intemet的基本知识，信息的组成和分类以及掌 息¨j)，此外，现今分析仪器的发展日新月异，通过仪器我们亦能获取人苗的化学数据：化学计算平 台及Gauss等鼙子化学与分子模拟软rl：的出现也可以从另一侧面通过模拟仿真乖¨计算获得更多的化 学信息，该部分内容较难，可供学有余力的学生课后根据自己的兴趣白行深入学习。 2)化学信息的处理。 针对化学、生物信息数据库的数据挖掘锋法是这部分课堂讲授内容的核心，其中包括无监督的 模式识别方法，如系统聚类法等，以及有监督的模式识别方法，如人I：神经网络、支持向越机等。 在讲授此类算法原理的同时，我们以目前已完成的或是止在进行中的蛋白质结构及其相互作川的科 研内容为例子进行讲述，使得该部分内容更加生动， 让学生们将理论与实 际府J}}J联系起来，直观的感受剑模式识别方法在人规模数据处理方面的优势。此外，计算机辅助波 谱解析和QSAR研究也作为基本知识教授给学生，让其对这两方面有个人致的了解。这部分内容涉 及较多的数学方面的知识。从实际授课的情况米看，住课堂上穿插部分化学数据处理软{：，I：包的使用 说明，如SPSS，MATLAB I：具箱，仅住说明算法的过科中作为数据处理的I：具简单提及，可收剑 令人满意的效果，使学生的思路不会陷入复杂的数学公式推导中。 另外，化学软什己成为化学I：作者日常I：作的基本I：具【81，这里我们着重讲述了化学集成软件 的讲解更为详细，相对而言该软f，l：是化学领域功能最强人的集成式软件，希望学生们通过对 ChemOffice的学习能为以后化学软1i，|：的使川、设计乃至研发提供帮助。 川人学化学学院67#信箱 ．217． D．006 3)化学信息的表达。 如今化学结构表达的任务主要是建立化学家JJ计算机之问的一座桥梁。这部分土要讲述化合物 结构的数值化(线性符号表示法、基丁．例论的结构编码方法t分子结构拓扑指数表征和经典的化合 物结构标记法)平¨化合物结构的可视化(化合物分子可视化模型发展历稃以及虚拟现实语言一1)两 部分内容。 化学信息学作为一I’J新的教学课稃，它要求教师完成教学思想、教学观念以及教学方法的转变， 这|’J课氍所要求的是学生的动手与