利用局部基因网络模式方法寻找复杂疾病新靶点基因.pdfVIP

生物工程前沿研究与技术 利用局部基因网络模式的方法寻找复杂疾病的新靶点基因幸 孟良玉12李澎鹏1张治洲13 (1天津科技大学泰达BIO-X系统生物技术研究中心天津300457) 21 013) (2渤海大学生物与食品科学学院锦州1 (3上海交通大学BIO-X生命科学研究中心上海200030) 人类的许多复杂疾病如：糖尿病、癌症、肥胖等已严重地威胁着人类的身体健康， 成为一个急待解决的世界性难题。这些复杂疾病一般对应着一群直接相关基因，目前 认识复杂疾病相关基因的研究手段仍然非常有限，生物学家们还缺乏有效地认识多个 基因间互相作用的方法，短期内也很难弄清楚这些基因在复杂的细胞网络中的作用方 式。随着人类基因组测序工作的完成以及相应的基因组学乃至系统生物学研究手段的 建立，产生了大量功能基冈研究数据，在此基础上建立一批较为可行的计算或分析方 法用以处理多基因之间的复杂关系已经有较高的可行性。 network 局部基因网络模式(10calgenetic pattern，LGNP)方法的用途之一 是可以寻找疾病新的靶点基因。利用特定疾病的已知相关基因或利用基因表达芯片确 些基因连接起来。在连接的过程中，自然会引入若干其他基因，使其构建成一个由己 知基因和其他基因共同组成的局部基因网络(LGN)图；考察该LGN在一批基因芯片 数据的具体表现方式的过程中将自动产生一个更为详细的、个体化的疾病相关基因表 达模式谱(LGNP)。将正常组与疾病组进行比较，分析该局部基因网络图中所有基因 的表达情况及它们的表达信息(表达上调、下调或不明显)，通过对这些信息的分析 可以发现上述LGN中若干其他基因在样本群中可能在统计意义上有共同的变化规律。 这些基因就是可能的新靶点。另外，上述LGN可以与细胞内一批营养代谢模块发生直 接或间接的联系。LGN中的若干异常基因表达可能导致所连接的营养代谢模块也跟着 发生异常。连接LGN与营养代谢模块的若干基因也是可能的新靶点基因。 ‘2006教育部新世纪优秀人才计划；上海川崎集团TJ060l 本方法最显著的特点：(1)直观地发现一些新的相关基因并且非常明了地看出其和 其他己知相关基因的连接状态及关系；(2)反映疾病相关基因间的作用状态；(3)反映其 主要的信号传导通路之间的组合变化方式，可以从信号传导通路的角度来更加针对性 地开展疾病的治疗及预防等方面的研究。 ． 目前，本课题组已对糖尿病、高血压、乳腺癌、肥胖等疾病进行了类似的分析， 并已取得了预期效果。利用已报道的20几个乳腺癌相关基因和80多张乳腺癌肿瘤组 织的基因表达芯片数据建立的局部基因网络图，可以明显地看出，有大量的其他基因 引入，当然通过该模式得到的疾病相关新基因还需大容量样本的实验或小容量样本的 积累试验来逐步验证，但该方法至少为研究某一疾病的致病基因提供了一个新的视角 或手段。另外，利用该方法得到的局部基因网络还可以与人体的各营养代谢网络相连， 进而分析该疾病的发生、发展与营养代谢之间的联动或因果关系，可以有针对性地开 展个体化的营养配伍，做到不同的人有不同的日常饮食配方，这样有可能从早期就可 以减少疾病或预防疾病。 作者简介：张治洲，特聘教授，博导，泰达BIO—X系统生物技术研究中心主任，研究领域为 zhangzz@tust．edu．cn 逆向工程技术构建基因调控网络 纪兆华-s翟延东·：涂华伟·粱耗春- 30012) (1吉林大学计算机科学与技术学院长春1 30012) (2吉林省发展与改革委员会高新技术处长春1 (3内蒙古兴安职业技术学院乌兰浩特137400)) 基因调控网络是建立在包括分子生物学，非线