树木功能基因组学与其研究策略思考.pdfVIP

第九届中国林业青年学术年会分会场特邀报告 第1分会场 树木功能基因组学及其研究策略思考 卓仁英 (中国林科院亚热带林业研究所浙江富阳311400) 植物功能基因组学是当前植物学最前沿的领域之一，由于基因功能的研究涉及专 利和知识产权，对一个国家的长远发展起战略性的作用，所以国际竞争日益加剧。美 国自1990年启动“植物基因组学计划，2000年底公布了模式植物拟南芥的全部序 列。由于拟南芥是国际上第一个完成全部基因组序列测定的高等植物，利用其作为模 式植物进行植物功能基因组学研究在世界各国开展得如火如荼，大量涉及重要生命过 程的基因被发现。我国是农业大国，同时面临人口、粮食、环境和资源等多方面的压 力，加强植物学研究，发现和克隆重要基因并加以应用是解决上述困难和矛盾的一条 重要途径。 美国能源部对毛果杨无性系“Nisqually一1”进行了全基因组测序，全序列用鸟枪 基因组的污染，测得的序列大约为8×基因组长度。对杨属树种基因组序列的初步组装 时共获得6900个序列骨架(sequencescaffold)，这些序列总长约为基因组长度的5．4倍， 覆盖的区域约为465～fo，基本上覆盖了常染色质的大部分。拼接成的序列骨架的大小在 接得到的染色体片段的数目远超过杨属树种19条染色单体的数目。目前，毛果杨基因 组全序列的测定及拼接己全部完成。这标志着树木育种已经进入功能基因组时代，但 面对树木基因组海量信息，树木功能基因组学研究该如何开展? 功能基因组学在利用结构基因组所提供的丰富信息资源的基础上，发展和应用新 的实验手段，通过在基因组或系统水平上全面分析基因的功能，使得生物学研究从单一 基因或蛋白质的研究转向多个基因或蛋白质系统的研究。功能基因组学以高通量、大 规模实验方法及统计与计算机分析为特征，研究内容涉及基因表达谱的绘制、基因功能 的研究、基因表达调控研究、模式生物和比较基因组学研究等；采用的手段包括经典 的减法杂交，差示筛选，基因表达差异分析以及mRNA差异显示等。由于这些技术不能对 基因进行全面系统的分析，因而产生了一批新技术，包括基因表达的系统分析，eDNA微 阵列，DNA芯片以及反求遗传学等。所有这些方法对高效解析林木基因组的研究都是 非常有用的。 35 第九届中国林业青年学术年会分会场特邀报告 第1分会场 构建突变体是林木功能基因组学研究的有效方法之一。突变体库有不同的分类方 法。按照产生突变体的方法大致可分为种质资源库、理化诱变突变体库和插入突变体 库3类，按遗传背景则可分为普通突变体库、近等基因突变体库和等基因突变体库3类。 通过理化诱变和生物技术构建的等基因系仅个别或者一些位点的DNA结构发生变化，总 体的遗传背景是一致的，因此在生物学研究特别是基因克隆和功能研究中受到高度的 重视。 FoxGene 高通量、低成本的特点，结合拟南芥短生命周期、转化容易，可以用较低的代价在较 短时间内分离到大批功能基因。 蛋白质组学不同于传统的蛋白质学科，是在生物体或其细胞的整体蛋白质水平上 进行的，从一个机体或一个细胞的蛋白质整体活动来揭示生命规律。由于蛋白质具有多 样性、可变性、复杂性以及低表达蛋白质难以检测等，对其研究充满艰难。目前对蛋白 质组的研究总体可以分为两个方面，即对蛋白质表达模式(或蛋白质组成)和蛋白质功 能模式(目前集中在蛋白质相互作用网络关系)的研究。对蛋白质组研究可以提供如下 信息，从基因序列预测的基因产物是否以及何时被翻译，基因产物的相对浓度，翻译后 被修饰的程度等。蛋白质组是动态的，具有时空性和可调节性，能反映某基因的表达时 间、表达量，以及蛋白质翻译后的加工修饰和亚细胞的分布等。 36