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48 中国棉花学会2011年年会论文汇编 棉花基因组学研究进展 周仲华，王峰。陈金湘‘ (湖南农业大学棉花研究所，湖南长沙4101280) 摘要：棉花重要的经济作物和研究纤维发育最理想的模式植物。随着人类基因组计划的顺利实施和 各种模式植物基因组测序工作的完成，棉花基因组计划也成为棉花届的头等大事。近年来，国内外的 研究者在棉花基因组学研究领域内取得了比较大的研究进展，从棉花遗传图谱、物理图谱的构建及棉 花功能基因组3个方面入手，就棉花基因组学研究近况进行概述。 关键词：棉花；基因组学；遗传图谱；物理图谱；功能基因组 。棉花是全世界重要的经济作物之一，也是我国蕈要的经济支柱作物。同时，棉花也是研究植物纤 述生物的全部基因和染色体组成的概念。基因组学(Genomics)则是指对所有基因进行基因组作图、 核苷酸序列分析、基因定位和基因功能分析的一门科学，包括以全基因组测序为目标的结构基因组学 (Structural genomics)和以基因功能鉴定为目标的功能基囚组学(Functionalgenomics)。解析棉 花基因组蕴含的高产优质、抗病虫、耐涝旱等基因资源信息，阐明棉花纤维发育的分子机理，将为提高 棉花产量、改良纤维品质提供理论依据。与水稻等其它禾本科作物相比，棉花的基因组学研究起步较 晚，全基因组系列测定尚未完成，但国内外研究者在这一领域取得不菲成绩。 l 遗传图谱 遗传图谱(Genetic linkagemap)，是指以染色体重组交换率为 map)又称遗传连锁图谱(Genetic 相对长度单位，以遗传标记为主体的染色体线性连锁图谱。而遗传标记是遗传物质的特殊的易于识 别的表现形式，通常叮分为形态学标记、细胞学标记、生化标记和分子标记4种类型。以形态、生理和 生化标记来构建的遗传图谱为经典遗传图谱，其主要特点是遗传标记数量少、多态性差，图谱距离大、 密度和饱和度低。分子遗传图谱能克服经典遗传图谱的弱点，饱和度和作图密度大大提高。分子遗 传图谱在棉花生产中具有十分莺要的理论意义和应用价值，它不仅能为育种家指明育种目标及到达 到目标的最佳途径，还能为育种工作中的目的基因的定位提供可靠依据，使得育种工作针对性和目标 性更强、有效性更高，从而大大提高育种工作效率，加快育种速度，缩短育种周期。 REMAP和SRAP等分子标记被广泛应用于海陆种间、陆地棉种内遗传连锁图谱构建【3_1引。各种分 子标记技术对棉花遗传图谱的研究工作起了非常大的促进作用，但目前大多数棉花分子遗传连锁图 仍然存在图谱覆盖率低、所用的分子标记数较少、分布不均匀、标记间距离过大等问题。因此，发展新 型分子标记技术，构建高密度、高覆盖率、饱和的陆地棉种分子连锁图谱仍然是棉花遗传学研究领域 的一个重要课题。 2物理图谱及基因组测序 artificial 。物理图谱是基于有酵母人工染色体(yeast terialartificial chromosome，BAC)、双元染色体细菌人工染色体(BinaryBAC，BIBAC)和可转化人 artificial 工染色体(Transformation competent 成片段，根据重叠序列确定片段间连接顺序以及遗传标志之间物理距离的图谱。由于棉花是多倍体 作物，基因组比较大，而且基因序列高等重复，采用其他模式生物通用的鸟枪法测定全基因组序列难 度较大，因此，构建高分辨率棉花物理图谱，并在此基础上采用逐步克隆法进行棉花全基因组测序是 最经济最快捷的方法。 *通讯作者。jinxiangc@163．tom 基金项目：国家转基因专项(2009ZX08005--012B) 中国棉花学会2011年年会论文汇编 49 界首先完成了二倍体棉种雷蒙德氏棉(D染色体组)全基因组序列的物理图谱，该图谱共应用2828个 以同时锚定在拟南芥中，438个重霍群与葡萄基因组序列相同，而242个重叠群能同时锚定在拟南芥 和葡萄中，结果表明棉花与葡萄，而不是拟南芥基因组相似程度更高[1引。由于棉花基因组太大、多倍 性以及序列高度重复，棉花栽培种的全序列测