不结球白菜抗芜菁花叶病毒蛋白BcTuRsO 的生物信息学分析.pdfVIP

280 江苏农业学报(JiangsuJ.of Agr.Sci. ),2010,26(2):280 ~285 马景蕃,侯喜林,肖摇 栋,等. 不结球白菜抗芜菁花叶病毒蛋白BcTuRsO 的生物信息学分析[J].江苏农业学报,2010,26(2): 280鄄285. 不结球白菜抗芜菁花叶病毒蛋白BcTuRsO 的生物信 息学分析 1,2 1,3 1 1 1 1 马景蕃 ,摇 侯喜林 ,摇 肖摇 栋 ,摇 孙菲菲 ,摇 单晓政 ,摇 刘同坤 (1.南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,江苏 南京 210095; 2.龙岩学院生命科学学院,福建 龙岩 364000; 3.农业部南方蔬菜遗传改良重点开放实验室,江苏 南京 210095) 摇 摇 摘要:摇 采用生物信息学方法,利用多种在线软件对不结球白菜抗芜菁花叶病毒(TuMV)蛋白BcTuRsO 的系 统进化、理化性质、亲水性、跨膜区、亚细胞定位、所含模体及蛋白质结构进行预测和分析。 系统进化树分析结果表 明,该蛋白在不同物种之间具有保守性。 理化性质分析结果显示该酶含 194 个氨基酸,分子量为21731郾3,理论等 电点pI值为6郾60。 TMpred跨膜分析结果显示,它含有1个显著的跨膜螺旋区,这个区域与ProtScale预测的疏水区 基本重叠。 用Target P server和WOLFPSORT server程序预测该蛋白为细胞质蛋白。 结构域分析结果显示该蛋白 含多种磷酸化位点。 二级结构以琢鄄螺旋和随机卷曲为主。 关键词:摇 不结球白菜; 抗病毒蛋白BcTuRsO; 生物信息学 中图分类号:摇 Q811.4摇 摇 摇 文献标识码:摇 A摇 摇 摇 文章编号:摇 1000鄄4440(2010)02鄄0280鄄06 Bioinformatic AnalysisofBcTuRsORelatedtoTuMVResistanceofBrassi鄄 ca campestris ssp. chinensis 1,2 1,3 1 1 1 1 MA Jing鄄fan ,摇 HOU Xi鄄lin ,摇 XIAO Dong ,摇 SUN Fei鄄fei ,摇 SHAN Xiao鄄zheng ,摇 LIU Tong鄄kun (1.StateKey Laboratory of Crop Genetics and GermplasmEnhancement,Nanjing Agricultural University,Nanjing 210095,China;2.College of Life Sci鄄 ences,Longyan University,Longyan364000,China;3.Key Laboratory of Southern Vegetable Crop GeneticImprovement,Ministry of Agriculture,Nanjing 210095,China) 摇 摇 Abstract:摇 The BcTuRsO related to TuMV(Turnip mosaic virus,TuMV) resistance of Brassica campestris ssp. chinensis was analyzed by using a series of online software in the following aspects:phylogenetic analysis,physical and chemical characters,hydrophobicity,transmembrane topologieal structure,subcellular localization,motif,secondary and tertiary structure of the protein,and so on. Phylogenetic analysis reveals the evolutionary conserv