万维网上的分子生物学信息资源——介绍布鲁克海文(BrookHaven)蛋白质数据库.pdfVIP

‘电子工程师》 1999年增刊 万维网上的分子生物学信息资源—— 介绍布鲁克海文(BrookHaven)蛋白质数据库 周果宏 刘 雪 韩利 首都医科大学生物医学I程．袅(北京，100054) BrookHavenProteinData 摘要本文简要介绍布鲁克海文蛋白质数据库(The Bank--PDB)。 它是经实验测定的、关于生物大分子三维结构的数据档案．为全球服务．其内容包括原子坐 标、参考文献、一级和二级结构信息．还包括晶体结构因数以及NMR实验数据．PDB时事通 讯和CD ROM每三十月发布一次． 关■词蛋白质数据库万维网 PDB由联邦政府代理基金会与用户提 可以看出，PDB中主要收集蛋白质的结 供的经费联合资助．由美国国家科学基金、美 构信息，也包括了少量的核酸及糖的三维结 国公众健康服务部、国家健康协会、国家研究 构。获得信息的实验技术主要为X射线衍射 资源中心、国家综合医学院、国家医学图书 技术以及NMR实验技术． 馆，以及美国能源部在DE—AC02— 2 PDB数据库文件结构 76CH00016合约之下与用户提供的费用共 同支持。 在蛋白质晶体结构数据库PDB中，各大 分子结构是以分立的文件形式记录的，这些 1 PDB数据库内容统计 文件被称作PDB的人口文件(entry)。一个 PDB创立于1973年，到了90年代。 文件只反映某个大分子结构的信息。每个大 PDB中数据开始逐步发展丰富起来。据统 分子结构通过唯一的ID码(四位代码)来识 计，从1992年～1996年该库收集的生物大 别。早期的入口文件名后缀为“．pdb”，一种 分子结构的数目分别是1007，1727，2921， 大分子对应一个文件，如；阿比西尼亚卷心菜 3821和4707，平均每年递增50％，到1998 (CRAMBE ABYSSINICA)种子蛋白的ID 年4月8日为止，该库共收集了7429个原 码是1CRN，其入口文件名为lern．pdb。97 子坐标的入口文件，1739个结构因数文件， 年以后，每一种生物大分子有一组(3个)相 429个NMR抑制文件。 关文件与之对应，它们是：全文文件、书目文 1998年4月8日载人的PDB大分子坐 COAT 件、图形文件，伊J如，抗菌素MINOR 标人口数目列表如下： PROTEIN的ID码是193p，它的3个相关 理论 分子类基 衍射 NMR 总计 文件分别为193p．full(全文文件)、193p． 建摸 蛋白质，缩氨酸，病毒 5483953 1576593 biblio(书目文件)、193p．gif(图形文件)}