自适应蚁群算法在序列比对中的应用.pdfVIP

维普资讯 第22卷 第1期 计 算 机 仿 真 20O5年1月 文章编号：1006—9348(2005)01—0100—03 自适应蚁群算法在序列比对中的应用 粱栋，霍红卫 (西安电子科技大学计算机学院，陕西西安710071) 摘要：序列比对是生物信息学的重要研究-rg。蚁群算法是一种新型的模拟进化算法，并被成功地应用于旅行商问题(TSP) 等组合优化问题中。该文将蚁群算法应用于序列比对，并提出基于 自适应调整信息素的改进算法。仿真结果表明这种新的 比对算法是有效的，而它的改进算法的效果更为理想。 关键词：蚁群算法；序列比对；信息素 ． 中圈分类号：TP301．6 文献标识码 ：A AnAdaptiveAn tColonyOptimizationAlgorithm andItsApplication toSequenceAlignment LIANGDong，HUOHong—wei (SchoolofComputerScience，XidianUniversity，Xi’allS~mnxi710071，China) ABSIltAcr：Sequencealignmentisoneofthemoatin驴删 toolsinbioinfmmmicsm~arch．Antcolony叩而 0Ilsia novdsimulatedevolutionaryalgorithmsuccessfullyusednicombinatorial0p血li翻d0Il 】ble蛆 such鹪 I印 ．Inthispaper， ACOisappliednisequenceal andimprovdebyadaptive ngthepI螂啊 啦．Thea；n,!A．onresultsdemon- stratethattheIlewapproachsieflldentandtheimprovde algorithmsim帆 efficient． KEYWORDS：Antcolonyop*imlmtion；Sequencea]igmnem；Pheromone 1 引言 对于一个序列S，lSl是S中的字符个数，S[]‘表示序 序列比对(SequenceAlignment)是一种重要的生物信息处 列的第 个‘字符。S[1．．i]表示序列的前 个字符组成的子序 理技术，通过比对中获得的序列信息可以推断基因的结构、 列。S中的字符由某个有限字符集合n确定(如DNA由4种核 功能和进化关系，是生物信息学的重要研究工具。 糖核酸A，，C，G确定)。基因序列在突变中的变化包括替 蚁群算法(Ac0)是一种新型的模拟进化算法，通过由候 代、插入和删除，我们用 “一”来表示插入和删除所产生的空 选解组成的群体在不断进化的过程中寻求最优解 ]。它是 位。对于 ，Y∈nU {一}，定义 口(，Y)为计分函数，表示 ， 在对 自然界蚁群的寻径方式进行研究和模拟的基础上，由 Y比较时的得分，以下是最简单的一种： DorigoM．等人首先提出的uJ。目前该算法在旅行商问题 f2 Y∈n (I印)等组合优化问题中有较多的研究 J。 口(，Y)={一【1 ≠Y∈n (1) 本文将蚁群算法应用于序列比对，并在此基础上。针对