EST—SSRs的开发及应用研究进展.pdfVIP

生 物 信 息 学 ChinaJoumalofBioinfonnatics 专 论 与 综 述 EST—SSRs的开发及应用研究进展 王家麟 ，孙佳莹 ，于清岩 ，李亮 ，王艳丽 ，宋金壑 ，刘春燕2，胡国华2，陈庆山H (1．东北农业大学大豆研究所，黑龙江 哈尔滨 150030；2．黑龙江省农垦科研育种中心，黑龙江 哈尔滨 150O9O) 摘要：综述了Esr—SSR标记的开发方法及其在构建遗传学图谱，筛选与定位 目的基因，遗传多样性的研究，比较基 因组学的 研究和品种鉴别等方面的应用。 关键词：表达序列标签 (Esr)；简单重复序列(SSR)；EST—SSRs 中圈分类号：Q343．1 文献标识码 ：A 文章编号：1672—5565(20o7)一03—140～03 ProgressofEST—-SSRsexploitingandapplication WANGJia—lin，SUNJia—ying，YUQing—yan，LILiang，WAN GYan一1i，SONGJin—he，CHENQing—shah (J． 如【 Colic．ofNortheast aa,~ y，Har61n，150030； 2． 田lR~archlna／a~，Northeast 砌如lm2￡li哪‘ ，Harb／n，15~030， irIⅡ) Abstract：Inriffspfp~r，Method EST一 ngandi协application，such8sc0瑚舡1】ctiIlggeneticmap，screerIil[1gandt8gginggene， theresearchofgeneticdiversity，cc棚 lringgenoraicsandidentifyings0lIlevarietiesweresuImn壬lrizedinthisanlde． KeyWords：Ex ed~ leneeTag(EST)；SimpleSe Repeat(SSR)；EST—SSRs 简单重复序列 (SSR)。即微卫星DNA(mierosatel— 1 EST—SSRs开发方法 liteDNA)，是真核生物基因组中1 6个核苷酸的串 联重复n J。SSR在动植物基因组 中具有高信息 1．1 根据已知 姗 数据库开发 EST—SSRs 量、多态性、共显性、随机分布和孟德尔遗传等优 1．1．1 KST序列的来源 点 J，在遗传图谱的构建、遗传多样性分析、亲缘关 EST序列主要来源于公共数据库，包括 EMBL 系鉴定、DNA指纹图谱构建、功能基因标记和比较 数据库中的EST部分和GeneBank中的dbEST。 作图等方面具有公认的优越性和广阔的应用前景。 1．1．2 EsT—SSR序列的查找 表达序列标签(EsI)，是从eDNA文库中生成的一些 应用 SSR1T(simplesequeneerepeatidentification 很短的序列 (3oo一5OObp)，代表在特定组织或发育 t001)软件在线搜索，或登陆 http：／／www．gra／／l~ne．org／ 阶段表达的基因，有时可代表特定的eDNA。基因组 gremene／searches／ssrtool网站查找。 EST计划由美国科学家Venter于 1989年提出，并首 1．1．3 KST—SsR引物的设计 先应用于人类基因组研究，之后被广泛用于植物基 根据SSR侧翼保守序列，用 DNAStar或 Premier 因组研究。它反映了基因的编码部分可以直接获得 5．0等软件进行上、下游引物设计。 基因表达的信息。为功能基因的直接鉴定提供了可 1．1．4 DNA提取 、SsR扩增和 电泳 能性。并且省去了SSR引物开发过程中的克隆和 对植物材料的基因组 DNA进行PCR扩增与电 测序步骤，充分利用了现有测序数据，降低了开发成