线性Poisson—Boltzmann方程的Mortar有限元方法的数值计算.pdfVIP

维普资讯 2002年 6月 应用数学与计算数学学报 第 16卷 第 1期 COM M ．ON APPL．M ATH ．AND COM PUT Vo1．16 No．1 June，2002 线性 Poisson—Boltzmann方程的 Mortar有限元方法的数值计算 舒 英 章 顺 吴文青 黄 自萍 (同济大学应用数学系，上海， 200092) 摘 要：本文对分子生物物理学 中产生的线性 Poisson—Boltzmann方程 (PBE)，给出 了Mortar有限元方法的计算过程 ，数值计算例子表 明，与一般的协调有限元方法相 比， 用 Mortra 元方法求解此类有间断系数 的问题是非常有效的． 关键词：Poisson-Boltzmann方程； Mortra 有限元方法 1．引 言 通过计算复杂生物大分子在溶剂 中的静 电电势，来研究分子 内部结构与稳定性， 在分子生物物理学和生物 医学工程等领域有着广泛 的应用 J．目前，国际上处理这 一 问题常用的方法是对 1923年 DebyeHfichel提 出的连续介质模型 (根据 Gauss定 理和 Boltzmann分布所建立)，运用数值计算方法，如：边界元方法、差分方法、有限 元方法等，来研 究这一 问题 ．由于实际问题 中在带 电粒子周 围的电势明显强于其他 区 域，而且整个区域的电势分布也极不均匀，在过去的大部分数值计算中大多采用均匀 网格剖分和非均匀网格剖分 [34】，由于受计算规模限制 ，结果都不太理想． 本文对这一问题 引进了90年代发展起来的Mortar有限元方法，在带电粒子附近 区域采用高密度的网格剖分，而在其余区域采用较稀疏的网格剖分，在两种网格的交 界面上引入 Mortar边界条件进行偶合，这种数值计算方法的优点在于，增加了网格剖 分的灵活性，减小了计算 问题 的规模，更可以在较高密度的网格剖分区域和较稀疏的 网格剖分 区域分别引进不同的数值方法，还适用于并行计算．本文各节的 内容大致分 为，在 §2中，给出了复杂生物大分子在溶剂 中的静 电电势的数学模型，它是一个标准 的 Poisson—Boltzmann方程 ．接着，在 §3对 Poisson—Boltzmann方程提出了 Mortar有限 元方法的数值计算过程．最后，在 §4给出了这两种方法的算例，对计算结果进行了 比 较，表 明了用 Mortar有限元方法求解 Poisson—Boltzmann方程的有效性． 2．复杂生物大分子在溶剂 中的连续介质模型 首先，我们引进 DebyeHfichel的数学模型 (见图 1)； 本文 2001年 12月 18 日收到 维普资讯 2 应用数学与计算数学学报 2 圉 1 复杂生物大分子在溶剂中的连续介质模 型 - V u(，Y)=fl(，3，)： 在 1中， (1) 一 V u(，Y)=，2(，3，)， 在 2中， (2) 一 u(，3，)+k2( )sinh( )=，3(，3，)， 在 3中， (3) 问题 (P ) E1Vu(x，Y)一 一E2 u(，Y)·神 =0， 在r1上 ， (4) e2Vu(=，Y)· 一e3Vu(=，Y)·砖 =0， 在r2上 ， (5) u(。o)=0，