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斑马鱼cDNA序列的分析 仲寒冰 本文应用生物信息学方法分析了斑马鱼(Danio rerio)的一条cDNA序列Seq1(从cDNA文 库中筛选而来, 编号命名采用原始的顺序号,无特殊含义). Seq1 长度为 1385bp, GC含量为 40.43%. 测序时先从两端各读 500bp, 然后设计引物, 测通中间的部分, 最后把 3 段序列用EMBOSS软件包中的Merger拼成一条完整的cDNA序列, 其中仍然有 12 个碱基未读出, 集中在 3’端(第 1171 碱基之后). 选择em_est, em_mam, em_hum等数据库, 用blast比对Seq1, 结果显示Seq1 与embl数据 库 中 的 ID 为 AW762159 的 序 列 相 似 度 较 高 ,Score 145bits(73), Expect 9e-32, Identities=193/233(82%), Strand=Plus/Plus. 而AW762159 与人的STATHMIN很相似. 图中红色的是embl数据库中已有的斑马鱼cDNA序列, 与Seq1 几乎完全相同(从侧面验 证了Seq1 测序无误). 最后一条红线下方第 9 条紫色线是AW762159. 用plotorf寻找开放阅读框.如图 然后用getorf –minisize 300 –noreverse(因为是cDNA序列)得到两个翻译成多肽的开 放阅读框orf1,orf2,长度分别为 165 和 100 个氨基酸, orf1 和orf2 都在第 1171 碱基之前. 接下来用pepinfo显示氨基酸残基的信息: orf1. orf2. 用 garnier 显 示 二 级 结 构 :orf1, Residue totals:H:141 E:8 T:3 C:13; percent:H:94.6 E:5.4 T:2.0 C:8.7 , 可见其中 α螺旋占了绝大部分,达到 94.6%,说明可 能是一种膜蛋白或者骨架蛋白;orf2, Residue totals: H : 14 E : 34 T : 40 C : 12 percent: H: 16.7 E: 40.5 T: 47.6 C: 14.3, 说明是无规则的线团,或许在体内选取不同 的读码框架会翻译出不同的蛋白质 最后分别用patmatmotifs在prosite数据库中和pscan在prints数据库中搜索motifs. orf1 用patmatmotifs搜索的结果:找到一个motif,”STATHMIN_2 with 1_1 from 91 to 100” VLKHLAEKREHEKEVLQKAM | | 91 100 orf1 用pscan搜索的结果,只有第 3 和第 4 类的motifs: CLASS 3 Not all elements match but those that do are in order Fingerprint ERYTHCRUORIN Elements 4 Accession nu