猪乙型脑炎病毒RT-LAMP检测方法的建立和应用.pdfVIP

猪的传染病 应用在线软件 NetNGlyc 1.0 （http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/ ）预测N-糖基化位点。应 用在线软件NetPhos 2.0 （http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/ ）预测磷酸化位点。 3.9.4 FC792 株E 蛋白B 细胞抗原表位预测 应用在线软件ABCpred （http://www.imtech.res.in/raghava/abcpred/ ）预测B 细胞抗原表位。 3.9.5 FC792 株E 蛋白T 细胞抗原表位预测 应用在线软件nHLAPred （http://www.imtech.res.in/raghava/nhlapred/ ）预测细胞毒性T 细胞（CT L ）抗原表位（Bhasin et al., 2007 ）；应用在线软件 ProPred （http://www.imtech.res.in/raghava/propred / ）预测辅助T 细胞（Th ）抗原表位（Singh et al., 2001）。 3.9.6 FC792 株E 蛋白二级结构预测 应用在线软件GOR4 （http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_gor4.html）预测二 级结构（Garnier et al., 1996 ）。 3.9.7 FC792 株E 蛋白三级结构预测 应用在线软件SWISS-MODEL （ ）进行同源模建预测E 蛋白的三维结 构（Arnold et al., 2006; Schwede et al., 2003; Guex et al., 1997 ）。 参考文献（略） 猪乙型脑炎病毒RT-LAMP 检测方法的建立和应用 1，2 1，3 1，3 1,3 1,2 1，2* 李海洋 ，哈卓 ，殷秀辰 ，饶柏钟 ，张磊峰 ，刘惠莉 （1. 上海农业科学院畜牧兽医研究所，上海，201106 ；2. 上海海洋大学水产与生命学院，上海，201306 ；3. 上海市 农业遗传育种重点实验室，上海，201106 ） 摘 要 为建立一种简单，快速，灵敏，特异性好的猪流行性日本乙型脑炎病毒（JEV ）的检测方法，本研究根据Genbank 登录的SA14-14-2 疫苗株及SA14 毒株的E 基因组序列，利用在线软件Primer Explorer V3 设计了6 条特异性引物，优 化反应体系，建立了环介导等温扩增（LAMP ）检测方法。该方法灵敏度高、特异性强、方便快捷，在1 h～2 h 内即 可得到结果，被用于多种病毒的检测。该方法成本低，只需一个水浴锅即可完成实验，又可省略琼脂糖凝胶电泳步骤， 更适合基层实验室应用。结果判定时只需要在扩增产物中加入SYBR Green Ⅰ染料，就可以直接在可见光或紫外光下观 察颜色变化。该方法省时省力，是一种适用于基层实验室快速、准确诊断流行性JEV 的方法。 关键词 流行性乙型脑炎；环介导等温扩增；快速诊断；检测 猪乙型脑炎病毒又称日本脑炎病毒（Japanese Encephalitis Virus ，JEV ），简称乙脑病毒，所引起 的疾病简称乙脑，最为常见的以三带喙库蚊为主要传播媒介的病毒性脑炎，是严重威胁人畜健康的一 种中枢神经系统的急性传染病[l] 。乙脑主要在亚洲国家和地区流行，有季节性的特点,一般蚊虫滋生的 7、8、9 月是其发病高峰期，1995、1998 年在巴布亚新几内亚和澳大利亚本土北部地区出现乙脑的暴 发流行[2,3] ，因此乙脑的流行区域有不断扩大的趋势。猪被认为是JEV 最重要的自然增殖动物，怀孕 母猪感染后导致流产和死胎，公猪感染后睾丸有急性炎症反应。自然界多种动物均可作为 JEV 传染 源,但猪是乙脑最主要的传染源，乙脑对猪的危害最为严重，是危害养猪业的重要疫病之一，常给养猪 业造成巨大的经济损失。为此，世界各国非常重视