微生物群落多样性分析方法的进展.pdfVIP

维普资讯 不t毛舛学 2003年 第22卷 第3期 Shanghai Environm ental Sciences 微生物群落多样性分析方法的进展 ProgressonAnalyticalMethodsUsed inM icrobialCommunityDiversity 陈晓倩 殷浩文 (上海市环境科学研 究院，上海 200233) ChenXiaoqian YinHaowen (ShanghaiAcademyofEnvironmentalSciences，Shnaghai 200233) 摘要 微生物群落多样性由3个组成要素形成：物种多样性．遗传多样性．功能多样性。从这3方面系统地概述了细胞 结构分析方法．分子生物学方法．功能多样性方法等技术在国内外的研究进展．并综合分析及探讨了这些技术的优点和不足。 微生物群落多样性分析．对环境资源调查．环境变化监控．环境治理及环境压力等研究．具有深远的意义。而其分析方法的发 展趋势．则是原位．快速．高通量的检测。 关键词：微生物群落 多样性 物种多样性 遗传多样性 功能多样性 用的方法大都不适合研究微生物群落。物理 、化学及 1 前言 分子生物学方法的进展，为多样性研究中诸多悬而未 微生物在 自然界 以群落的形式存在，多种微生物 决 的问题提供 了解决的方法，形成多种研究微生物群 共 同生活于一定区域，而这些种类既不是弧立存在 ， 落多样性 的技术方法 。本文围绕群落多样性 3个要素 也不能随便凑合，它们的共处必须遵循一定的生物学 的各种方法展开 讨论 。 规律 。微生物之 间相互依存又相互制约的现象 ，随着 时间的推移而逐步调整和完善，从而形成 了有一定特 2 物种多样性 点 的生物集合体 即微生物群落 。微生物群落的多样 物种 多样性是指群落 中的微生物种群类 型和 性，一直是环境科学和生态学 、环境工程 、土壤微生物 数量 ，其 中丰度和均度 是多样性指数 中的2个组成 研究的重点，因为这种多样性研究，特别是针对大多 部分 ，也是多样性分析 中最直观 、最容 易理解 的 数未知种群的研究，可以探知蕴藏其中的无法估量的 要 素 。 资源，从而对一些超常物质进行开发利用 。同时也可 2．1形态学分析 用于监控环境变化，对环境状态 、环境污染 ，微生 早期方法使用显微镜观察样 品，通过形态特征来 物群落会作 出迅速反应，因而可 以成为环境变化的 确定微生物的种类，在水环境样品中确实可 以鉴定 出 标 记 。 许多物种 。但因为一些物种形态相似，仅凭显微镜无 早在20世纪90年代，Solbrigt提 出了微生物群 法判断准确，容易产生误判，而另外一些微生物类型 落多样性有 3个组成要素：物种 多样性 、遗传多样性 的形态特征相同或模 式种发生变异，故单凭形态学分 和功能多样性 。起初的研究重点在物种多样性和遗传 析是不够的。随着显微技术不断提 高，一些含特殊 荧 多样性，随着各项技术的发展和研究角度的拓宽 ，功 光的微生物可通过荧光显微镜来鉴定。如产烷微生物 能多样性也越来越受重视。遗传多样性是物种多样性 含 F420辅助因子，在420nm波长激发下，产生绿色荧 的基础，但又与物种多样性有 区别，它揭示了不 同类 光；而鉴定含光合色素的微生物，如果与流式细胞仪 型 的外界压力在物种演替过程 中的遗传轨迹；除了微 结合使用，则检测得到 的信息可定量 。 生物 自身的遗传改变