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禁忌搜索算法在二维HP非格模型中的应用.pdf
第22卷第12期 计算机与应甩化学 Vel22．No12
2005年12月2＆日 and
AppliedChemistry
Computers
一种禁忌搜索算法在二维HP非格模型中的应用
岳晓晖，唐焕文，郭崇慧
(大连理工大学应用数学系，辽宁，大连，116023)
摘要：禁忌搜索算法是一种启发式的全局优化算法，是局部搜索算法的一种推广，已被成功地应用于许多组合优化问题，本文
探讨将一种记忆的禁忌搜索算法应用于求解蛋白质结构预测问题。文中首先介绍丁一种二维HP非格模型，此模型最后可以
Method)
比较，发现禁忌算法能得到较好的实验结果，经分析菠现虽然二维llP非格模型很简单．但却能反映蛋白质结构的一些简单的
性质，即在蛋白质结构中，疏水性氨基酸形成柬，总是被极性氨基酸包围。数值实验表鹏该算法对于蛋白质结构预测是可行
有效的。
关键词：蛋白质结构预测；二维HP非格模型；禁忌搜索算法
224
中图分类号：Q71；O
文献标识码：A
文章嫡号200s)12-1101—1105
Atabusearchandits in2DHPoff·latticemodel
application
andGUO
YUE HuanWen
XiaoHui，TANG ChongHui
of of
Mathematics，Dalian
(DepartmentApplied University
whichhas to colltl—
search isBClaSsofheuristic been
Abstract：Tabualgorithm globaloptimizationalgorithms successfullyappliedmany
of
this Tabusearch is tosolve2DHPoff-latticemodel
bination memory algorithm protein
optimi2ationproblems．Inpaper，a applied
our toPERM modelis andrefleetathe
structure of is
predictionproblems．Theperformancealgorithmcomparablealgorithm．Thesimple
form are flanked
of structureThe monomer8clustersof 4—5 and
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