“天河二号”上一种新型DNA序列de+novo拼接方法并行优化策略.pdfVIP

“天河二号”上一种新型DNA序列de+novo拼接方法并行优化策略.pdf

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天河二号”上一种新型DNA序列denovo拼接方法的 并行优化策略” 张峰1,廖湘科1,彭绍亮1_,朱小谦1,王丙强2,崔英博 (国防科学技术大学计算机学院,长沙410073) (深圳l华大基因研究院,深圳l518083) AParallel TianHe一2 foranewmethodof optimizationStrategy supercomputer Pn DNA denoVo sequenceAssembly ZHANGLIA0 PENG ZHU CUI Fen91, Xiangkel, Shaollan91_,Xiaoqlanl,WANGB1ngqlan92,Yingbo ofDefense 1(Dopanmentofcomputersclence,NatlonalunlversltyTechnology-changsha410073,chlna) 2fBGIShenzhen518083Chlna、 edu nudteduc“ +coHe8pondl“gauthor:E-mall:pe“gshaollang@nudtcn,http:/九Ⅳww Abstract:SGA1satoolforDNA denovoassembl 1sbasedonme In“s sequence y,which S廿1r培Graphtheory denovo basedonSGA1s an detalled paper,mesequence assemblyproblem provedNP—completeproblem,and 1smadeofsGA tome omers1埘lartools1n analysls Accordingreslllt,sGAoverwel曲s memorycons㈨p廿。址 butcostrrmchmore 60~70%1s 1ndexcons订uc廿onBasedonmese tlme,arnor培whichoccupledby 1ssues,this 1n廿oducesa aT1a】山e一2architectllreonented paper deepparallelop血mzatlons订ategy,and1mplements parallel 丘ameworktotacklemese aredoneofdifferentdataslzeon clusterandTla】山e一2 problemsExpenments ordinary Fordataofsmall sol埘on1s306廿mesasfastasbeforeandfbrdataofmlddle 1 60 slze,meoptlmlzed slze,1t’s 廿mesTheresllltsdemonstratemeevldent overallandthe11near for FM一1ndex 1rnprovement scalabllltyparallel constmc廿onThis corl廿1butetome researchofrelevant1ssueandrenectme

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