基于Web猪表达谱基因芯片数据库.pdfVIP

第十五次全国动物遗传育种学术讨论会论文集 基于Web的猪表达谱基因芯片数据库 王海燕”，曹建华1，李新云1，赵书红1 I·农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室农业部猪遗传育种重点开放实验室华中农业大学；2‘理学院计算机科学 系，华中农业大学，武汉430070 关键词：猪；表达谱基因芯片；数据库 引言 后基因组时代，基因芯片作为一种先进的、大规模、高通量检测技术，已经广泛用于许多物种的功能基 因组学研究。表达谱基因芯片是基因芯片技术中应用得最多的技术之一。然而，农业动物表达谱基因芯片的 相关数据共享目前尚不普遍。芯片数据库是解决这一问题的关键。截止目前，本实验室以及其他同行在猪的 表达谱基因芯片方面已经积累了很多实验数据，它们都是以原始数据的形式提交到GEO等网站，不利于数据 的查询和分析，所以建立猪号门化的表达谱基因芯片数据库很有必要。本研究拟开发一个基于Web的猪表达 谱基因芯片数据库，并重点根据基因本体论功能分类(Gene Ontology)、生化代谢与调控路径、基因家族、结构 功能域、染色体定位对芯片差异表达探针组进行归类分析。 材料与方法 来源于本实验室，包括副猪嗜血杆菌感染猪脾脏的芯片数据、二花脸猪与大白猪妊娠75天和90天胎盘中的 差异表达基因数据以及猪33天胚胎、65天胚胎和成年猪背最长肌基因表达数据。本数据库结构按照关系模式 Web 服务器，MySQL数据库管理系统，PHP，Perl和R语言等程序开发工具。 结果 本数据库主要包括两大类型数据：基因表达数据和基因注释数据。目前已对副猪嗜血杆菌感染方面的6 张芯片、不同品种胎盘发育方面的12张芯片和不同时期骨骼肌发育相关的9张芯片数据进行了整理，得到了 每组探针在不同生理状态下的signal值，已将其导入到数据库中并通过柱状图显示。基因注释数据包括 其他来自于NCBI、GEO、DAVID等网站，通过编写相关程序将其整合在一起并通过网页显示。 讨论与结论 建立猪基因芯片数据库对于猪的基因表达数据的共享具有重要意义，为综合分析关键的候选基因提供了 一个参考平台。本系统提供一个开放的、界面友好的Web环境供用户使用，主要提供如下功能：用户可根据 据进行同源比对。注释信息由专门的程序进行处理，本数据的注释信息比同类针对猪表达谱芯片的注释数据 库更全面、更快捷且可以自动更新。本数据库系统集中存储、注释芯片数据，对研究不同生理状态下猪的基 因表达变化提供了可靠的参考数据，有助于研究转录水平下猪的基因和芯片数据的分析。本研究正在收集整 理其他猪基因芯片数据，并计划将猪的基因与人、小鼠的基因作进一步的 对照。 致谢 本研究受“863”项目(2006AAIOZl95)及‘973”项目(2006CBl02105)资助。 一32—