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100 合成生物学中的计算设计工具 岳俊杰，周围，梁龙，陈惠鹏 军事医学科学院生物工程研究所 合成生物学是一门新兴的、正处于快速发展阶段的学科。它的发展不仅立足于生命科学 (分子生物学、基因组学、系统生物学)和生物技术(基因组技术、代谢组技术和蛋白质工程技 术)，还得益于现代工程技术和计算科学技术(化学合成、生物信息学、计算机技术等)的支撑。 合成生物学包括两方面的内容：①设计与构建全新的生物零件、生物装置或生物系统；②对现 有的、天然存在的生物系统进行重新设计和改造，使之具有新的功能。合成生物学将工程学思 想引人到生物学研究中，以“合成”指导研究，以系统“构建”指导技术发展，是一门涉及生物、化 学、物理、工程、计算机与信息化技术等多领域的综合交叉学科。 合成生物学涉及的生物体系可以分成生物零件、生物装置(设备)、生物系统等不同层次。 零件(part)是指能够完成特定功能的核苷酸或蛋白质序列，是遗传体系中最简单、最基本的生 物功能单元。生物装置(device)是由不同零件按照一定逻辑关系和物理连接组成的生物学结 构，它通过调控信息流、代谢作用、生物合成功能，以及与其它设备和环境进行交流等方式处理 “输入”，产生“输出”。生物系统(system)是具有相互关联的功能并能执行复杂任务的设备的组 合。在细胞中，系统可能是具体的途径，如完整的代谢途径或信号转导通路。 设计、建模和模拟是所有工程中必不可少的步骤，已成功地在汽车、航空、信息技术等领域 中应用了几十年。合成生物学作为一门具有工程特征的新兴学科，设计也是其不可分割的一部 分。简单的生物系统可以根据直觉来确定元件的连接路线，但是对于制备复杂的生物系统而 言，如果没有设计过程，合成的系统可能无法运行。 国际上已经相继创立了一些合成生物学计算设计的方法。合成生物学中的设计重点集中 在生物零件(DNA、RNA和蛋白质)的设计以及遗传回路的设计、模拟及优化上。从本质上看，合 成生物学中零件的设计主要是完成下列工作：基于生物大分子(蛋白质和核酸)的序列来预测 其结构、功能和相互作用等；遗传回路的设计则主要完成各种生物学网络(信号传导网络、调控 网络和代谢网络)及网络模块的建模、动力学性质分析等。 目前合成生物学已经发展的零件设计工具包括Gene infold、ViennaRNA 4．2， Package，ZincFinger Modeler、HEX 5．1等，它们可以构建人工DNA片段、密码子优化、核酸序列的二级结构、模拟核 酸的杂交、估计其熔化温度，可以进行蛋白质的空间结构预测、蛋白质的分子对接、动力学模拟 等。 些工具大都使用了MIT的标准生物零件登记处的内容和基本思想。 目前生物系统的设计依然是一件比较困难的事情，这主要是因为下列原因：①生物体系内 固有的扰动如基因表达的噪音、剪接、突变及不确定的初始状态等；②功能模块改变细胞环境 带来的扰动和模块与细胞背景之间的串扰。解决这些问题有赖于对生命科学规律的深入了解。