浅谈单核苷酸多态性、单倍型和连锁不平衡.pdfVIP

中国家禽科学研究进展 浅谈单核苷酸多态性、单倍型及连锁不平衡+ 韩瑞丽H。李建群1康相涛1’2”‘ 陈 宏3 (1．河南农业大学牧医S-程学院，郑州450002) (2．河南省家禽种质资源创新工程研究中心，郑州450002) (3．西北农林科技大学动物科技学院，杨凌712100) nucleotide 摘要：近年来随着单核苷酸多态性(Single lotypes)研究的兴起，连锁不平衡(Linkage 围绕单核苷酸多态性阐述了单倍型、连锁不平衡、关联分析的概念及其主要应用，并简要介绍了存在 I*-1题2L其进一步的研究趋势。 关键词：单核苷酸多态性；单倍型；连锁不平衡；关联分析 nucleotide 随着20世纪90年代以来DNA水平上的遗传多态性，尤其是单核苷酸多态性(single soeiation DNA上由丰富SNPs组成的单倍型块，提供了大量的连锁不平衡(1inkage 联分析的应用研究，并简要介绍了存在问题和目前的研究热点。 1 单核苷酸多态性(SNP)概述 不同个体的碱基的差别是目前最常见的遗传多态现象，这些遗传上的差别称为单核苷酸多态性。 单核苷酸多态性是人类基因组中最常见的变异形式，绝大多数为二态性，在基因组中出现频率很高， 据估计每300～l000个碱基中即出现一次，因而成为目前最常用的遗传标志物。根据SNP在基因组 中所处的位置的不同，SNP位点可以分为几个大类：大多数对基因的功能没有影响的SNPs，称为a— SNPs，包括内含子、外显子和启动子 nonymousSNPs；存在于基因内部的SNP位点则称为gene-based SNPs)o 中的单核苷酸多态性位点。其中，存在于蛋白质编码序列中的SNP位点称为cSNPs(coding 研专项(nyhyzx07-039)；河南省杰出人才创新基金(074200510009) +·作者简介：韩瑞丽(1976一)，女，河南新乡人，在读博士，研究方向：家禽遗传育种研究，E—mail：rlhan @126．corn ···通讯作者：康相涛(1962一)，男，河南南阳人，教授，博士生导师，主要从事家禽育种与营养学研究。 E—mail：xtkan92001@263．net 282 Ⅱ．家禽遗传育种 致了氨基酸序列的改变，则称为非同义SNP。位于基因内部的SNPs，可以通过影响基因的转录，转 录后加工，翻译或翻译后蛋白质产物的活性等影响基因的功能。在基因与表型的关联性研究中，cS- NPs的存在常对确定候选基因起重大作用…。 SNP在基因组广泛而稳定的存在，提供了一批很好的分子标记，在高密度遗传图谱构建、性状作 图和基因的精确定位、群体遗传结构分析以及系统发育分析等方面均具有广阔的应用前景。可以使用 SNP来进行群体遗传学的研究，动、植物遗传图谱构建、品种鉴定、物种起源与亲缘关系、连锁不平 衡与关联分析等。SNP尤其是cSNP是反映个体遗传特征的十分有效的标记。同时，今后药物的设计 与开发，也会考虑到不同个体的遗传差异，要进行遗传多态与个体对药物敏感性或耐药性的关联分析 研究，以阐明遗传因素对药效的影响。因此，SNP又可为药物的设计与开发提供依据【2】。 2单倍型相关概念及单倍型分析 2．1 单倍型 一条染色体上两个或两个以上的多态性位点状态(等位基因)的组合叫作染色体单体型(haplo- 锁相，而不是指23条染色体(单倍体)的状态，因此中文应该译为“单体型”而不是“单倍型”。 联的SNP位点。如果在某一段DNA片断上发现10个SNPs，理论上可能存在1024(210)种单倍型。 但由于LD的存在，实际发现的单倍型数目往往远远少于理论上的值J。 2．2单倍型块 ， 此分离的单倍型块(hap