生物医学领域本体构建方法的研究.pdfVIP

2008年学术年会论文集 生物医学领域本体构建方法研究 方 安 王军辉林芳 摘要：本体构建是从某个领域中抽取知识，形成描述该领域数据的语义概念、实例和其间的 关系。本体构建方法的研究对于本体的应用有至关重要的作用，也是当前本体研究中的一个热点问 题。本文综合分析了国内外现有领域本体及其构建方法，结合生物医学领域的特点，对生物医学领 域本体构建方法做了简单探讨。 关键词：本体；构建方法 1．引言 近年来随着计算机信息处理、人工智能、知识工程等学科的发展，本体研究迅速兴起并受到广 泛关注。本体由于具有良好的概念层次结构和对逻辑推理的支持可以使计算机对信息和对语言的理 解上升到语义层次，因而在信息互操作、知识理解和信息集成等领域具有广阔的应用前景。 本体(Ontology)最早是一个哲学上的概念，从哲学的范畴来说，本体是客观存在的一个系统 的解释或说明，关心的是客观现实的抽象本质。人工智能界认为本体是“共享概念模型的明确的形 式化规范说明”。生物医学领域本体描述的是生物医学领域内的概念及概念之间的关系。它规定了 概念的一种有组织的结构框架，这些概念是在分等级并有结合关系的体系中的生物学实体及过程中 出现的，并允许我们进行生物医学知识的推理。 本体构建是从某个领域中抽取知识，形成描述该领域数据的语义概念、实例和其间的关系。本体 构建包括本体语言和本体构建方法两个领域的研究。由于本体的构建多是面向特定领域，如果没有好 的方法路线指导，就难以在不同领域本体的构建中保持一致，也不利于本体的规模化和规范建设。因 此，本体构建方法的研究对于本体的应用有至关重要的作用，也是当前本体研究中的一个热点问题。 目前的本体构建方法主要有手工构建、复用已有本体以及自动构建三种¨。。其中手工构建本体 耗时、费力且花费巨大，没有工程化的科学管理流程作为支撑，主观性太强。复用已有的本体主要 是利用已有的叙词表、顶级本体、在线本体库等资源获得领域知识以及概念关系，这种方法使得新 本体的构建能有一个很好的起点，但目前很少有不经修改就能被复用的本体，同时本体复用也带来 了不同本体的匹配问题。自动构建本体是借鉴知识获取的相关技术，基于自然语言规则或基于统计 分析的机器学习来进行本体的自动构建，目前这种方法尚处于研究阶段。 2．本体构建方法介绍 目前已经形成固定模式的本体构建方法采用的都是手工方式，具有代表性的主要有SENSUS 行介绍。 2．1 SENSUS法‘21 然语言处理程序，旨在为机器翻译提供广泛的概念结构。目前SENSUS语言本体共包括电子科学领 307 ③2008年学术年会论文集 SUS中剪掉。具体过程如下： (1)定义“叶子”术语(和SENSUS无关)； (2)手工地将叶子术语和SENSUS术语相连； (3)找出叶子节点到SENSUS根的“路径”； (4)增加和域相关的且没有出现的概念； (5)用启发式思维找出全部的特定域的术语。 2．2 KACTUS工程法‘31 About Technicalfor USe)的缩写，是欧洲ES- KnowledgeComplex systemsmuhiple 建模”(modelling PRIT框架下的研发项目之一，其目的是开发出技术系统生命周期过程中知识重用的方法学，以便 在设计、诊断、操作、维护、再设计和培训时使用同一知识库。具体的开发过程如下： (1)应用的说明：提供应用的上下文环境和应用模型所需的组件。 (2)相关本体论范畴的初步设计：搜索已存在的本体，进行提炼、扩充。 (3)本体的构造：用最小关联原则来确保模型既相互依赖，又尽可能一致，得到最大同构。 2．3 骨架法H1 骨架法(Skeletal Usehold和Martin Methodology)最初由爱丁堡大学人工智能应用研究所的Mike King于1995年提出。包括如下步骤： (1)确定本体应用的目的和范围：在此阶段需要确定建立本体的目的、用途和用户范围。