基于跟踪一统计的并行I／O带宽测试方法及实现.pdfVIP

152 中国工程物理研究院科技年报 6．2 基于跟踪一统计的并行 I／o带宽测试方法及实现 曹立强 罗红兵 并行 I／O已经在当前的高性能计算领域得到广泛应用，并行I／O是一个综合了远程文件管理、高速通 信和并发控制的层次化系统，由于高度复杂，它的评测也具有一定的难度。一个详细的并行 I／O带宽评测 工作不仅要求衡量并行 I／O系统的性能与性质，还要求能够给设计师和用户以I／O参数上的提示，从而提 高 I／O效率。 eft 当前国内外有许多测试程序用于并行 I／O测试，例如 IOR、Coll_peff和b io等。它们或测试POSIX — — 接 口I／O性能，或测试MPI-I／O接 口性能等。虽然有多种测试程序，但是这些程序的核心是并行I／O前后 计时的并行带宽统计法，用单一的测试规模一带宽指标表示文件 I／O能力。这种测试方法有两方面的缺陷， 其一，测试结果依赖于测试的规模参数与采样点数量。这种测试不能反映并行I／O全过程的性能，而相同 规模下测试精度随测试次数增长而增长；其二，已有测试程序的测试结果过于简单，其评测指标不能反映 并行文件系统各阶段的性能：例如文件系统缓存、通信网络以及磁盘对带宽的影响，而这些指标同样是反 映文件系统性能的重要数据。举例来说，已经实用部署的并行文件系统，例如Lustre和GPFS等，一般部 署有客户端缓存，在缓存作用范围之外，它的性能取决于网络带宽和存储带宽。为了完整的评测并行 I／O 带宽，当前采取了大样本采样的测试方法。测试者选择了多达32个以上不同规模作为采样样本进行测试。 即便如此，仍然看到样本跨度造成的性能波动。 基于上述原因，设计了基于跟踪一统计的并行 I／O测试方法，并在 tileBench中实现。这种测试方法将 测试过程分为两个阶段：跟踪阶段和统计输出阶段。在第一个阶段，测试程序记录并行I／O中每一个进程 读写每一个数据块的时间；第二个阶段，测试程序分析数据，计算并行I／O不同偏移的带宽指标，获得并 行 I／O系统性能随偏移变化的剖面曲线。可以从带宽剖面曲线中提取 3个指标：协作缓存作用范围、I／O 带宽和全生命周期的I／O带宽。第一个指标可以用于并行 I／O系统的性能调节，配置缓存大小，指导程序 员合理利用缓存资源。第二个指标标明了并行 I／O系统下层存储系统的带宽，可以用于 I／O系统测试，第 三个指标说明了文件从打开、读写到关闭，I／O操作全生命周期的性能，与第二个指标相比较，可以用于 评测并行 I／O系统协议栈的开销与系统实现的优劣。 6．3 两种适用于大规模并行自适应的计算流体格式比较 胡晓燕 莫则尧 张爱清 在流体数值模拟过程中，许多物理问题的解会在局部区域发生急剧变化，而 Euler方法适用于求解多 维空间中具有大变形的流体运动问题，局部细化或粗化网格的自适应技术和并行方法能够有效地增加数值 解的精度并减少计算量。Euler方程，就空间算子而言，可以采用维数分裂(记为分裂格式)和维数不分裂(记 为整体格式)两种方式。但在并行自适应中，分裂格式需要保存大量的不同时刻的中间物理量值用于通信， 这不仅增加内存开销，而且增大通信量，使并行效率受到严重影响，例如FCT格式；而整体格式，沿各个 方向的数值通量可以同时计算，在 自适应中，不需要保存过多的中间量，通信量减少，并行效率就会提高。 然而，多维整体格式，各个方向的通量同时计算，这就存在一个问题：流体的运动是各个方向相互影响的， 而不是独立运动的，因此需要修正通量，通量修正的不同就会影响其并行性能及计算量。 这里考虑两种整体格式：WAF格式和 CTU格式，采用并行 自适应方法求解 Euler方程。在计算过程 中，采用对局部流场变化剧烈的空间区域进行 自适应网格加密，提高分辨率，时间步长也相应的细化。计