SNP芯片技术发展及其应用.pdfVIP

752 第十一次全国畜禽遗传标记研讨会论文集 SNP芯片技术发展及其应用 樊斌1唐中林2 (1华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室，武汉430070 2中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，北京100094) 摘要：高通量的SNP芯片在人类及动物基因组学研究中具有广泛应用前景．本文简要介绍了当前 SNP芯片技术的发展现湫及其初步应用． 关键词：Ship芯片；基因组学；高通量；分型 nucleotide 单核苷酸多态(SNP，singlepolymorphism)指基因组某一座位呈现两种或两种以上的核 苷酸变异，包括碱基转换、颠换、插入和缺失等类型。SNP多指两等位基因变异且最小等位基因频率大 于1％。SNP普遍存在于人类和动物基因组中，在人类基因组中平均约1000个碱基便出现1个SNP。近 年来，随着包括人类在内的各重要物种全基因组序列及单倍体测定项目的实施和完成，大量数目SNP得 以挖掘【1捌。同时，高通量自动化基因分型技术的发展，以及大规模研究样品的联合分析，使得SNP芯 片技术开发和应用日显必要”J。 SNP芯片(SNP chip。SNParray)是指在一微小面积的硅片或微珠表而集成高密度的分子识别探针， 能够同期平行对大量SNP进行分型，获得庞大的Shlp分析信息ⅣJ。SNP芯片类型多样。在芯片制备、 样品预处理及检测方法上有所差异，但基本原理均是应用已知核苷酸序列的探针与其靶序列杂交，借助 较为广泛。 SNP芯片分型流程—般包括SNP选取、预测试、集成、分型、结果分析等步骤(如图1)。检出率、 准确性、特异性和重复性是衡量SNP芯片质量的重要标准。此外，SNP芯片所含探针的基因组覆盖率、 allele 平均间距、平均多态率和最小等位基因频率(minorfrequency，MAF)亦可作为主要参考指标。 图I．SNP芯片分型流程 1．SNP的获取与选择 SNP芯片所含探针数目依不同物种所能提供的信息及具体研究要求而定。用于人类全基因组分析的 SNP芯片探针数目可达20K-1M。用于一些物种(如鸡、绵羊)小规模研究的SNP芯片仅有2．3K探针。 f!!!!!!!!塑12塑1．。!!型 !!-型。!!!’!!!!!。!旦!!‘业· !墅 SNP)和功能雎SNP(同义和非唰义 SNP来源，从功能上看，包括随机选择SNP，标签SNP(Tag 文库(reduce【l 证过的SNP。 SNP选掸杯准．SNP两端蚤端序列清楚无误，日域少应包括50个碱基；MAF不低于005；尽可 能均匀分拓于整个基因组，问口E适中；最好经过注释；在小同品种中有多卷性或具品种特异性；合下不 同种类SNP芯H制备的特殊要求。 2．SNP芯片种类和特点 2．1Affymetrix岱司GeueChip Affymetrix公司最早从事基固芯片技术开发和应用，其#导体照棚·P板技术日啦台成探制颇具优势。 A竹metrixSNP芯片制作过程如下，利用半导体照相1·扳技术(或人工直接合成)台成己知序列的寡梭 隔数个碱基处引入错配碱基，其日的是检测日标SNP探钊的特异程度，4个组合包括H标SNP两个等位 基因的完全匹配和错配探引，以检测H标$5-IP探引H￡确性．由此检测一个SNP需24个不同序，0的撵“。 在高密度的SNP50和SNP60芯H中，对探针组合进行简化，H选取H标SNP的完全匹配组合，井有 34次重复橹测，，}有6-8条相应探引”J。 待*4样品的预处王坐过程较为烦琐+包括酶切、接头连接、重自增_；5乏标记等过程(罔2)。首先，基因 用可说别接头序列的通用引物进行扩增．富集250-2000bp的自增片断：这tbH断被打醉，进行末端标记． 而后与芯片杂交。SNP芯H经洗涤、扫拙后获得分型结果。 气．-气黑I●。。焉忑胃NpI N，P¨I s…hI 蚺1 焉