生物信息学大实验实验指导.doc

实验指导 生物信息学大实验 适用专业：生物信息学 生物与制药大类 编写：解增言 生物信息学院 2015年4月 目录 实验1 基因组序列分析（序列组装） 3 实验2 基因组序列分析（基因识别） 9 实验3 HAP3基因家族分析（多序列比对） 23 实验4 HAP3基因家族分析（分子进化） 26 实验5 HAP3蛋白家族分析（蛋白质结构分析） 39 实验1序列组装 一、实验目的 1． 了解基因组测序原理和主要策略； ． 了解新一代测序技术所测序列的特点 ． 掌握CAP3序列组装软件的使用方法。． 掌握软件velvet的使用方法二、实验原理 基因组测序常用的两种策略是克隆法（clone-based strategy）和全基因组鸟枪法（whole genome shotgun method）。克隆法先将基因组DNA打成大的片段，连到载体上，构建DNA文库；再对每一个大片段（克隆）打碎测序。序列组装时先组装成克隆，再组装成染色体。克隆测序法的好处在于序列组装时可以利用已经定位的大片段克隆, 所以序列组装起来较容易, 但是需要前期建立基因组物理图谱, 耗资大, 测序周期长。 全基因组鸟枪法测序无需构建各类复杂的物理图谱和遗传图谱，采用最经济有效的实验设计方案，直接将整个基因组打成不同大小的DNA片段构建Shotgun文库，再用传统Sanger测序法或Solexa等新一代测序技术对文库进行随