基于点的代数连通强度和非负矩阵分解的肿瘤基因分类.pdfVIP

2O15年 1月 安徽大学学报(自然科学版) January2015 第 39卷 第 l期 JournalofAnhuiUniversity(NaluralScienceEdition) V()1．39No．1 doi：10．3969／j．issn．1000—2162．2015．01．014 基于点的代数连通强度和非负矩阵 分解的肿瘤基因分类 王 年，宋 豪，汪沁紫 (安徽大学 {1算‘机智能与信号处理教育部重点实验室，安徽 合肥 230039) 摘 要 ：随着DNA微列阵技术的发展 ，利用基因表达谱数据进行生物信息的有效挖掘已经成为研究热点．因 此 ．该文中提出将点的代数连通强度与非负矩阵分解相结合的方法对基因表达数据进行分类处理．首先利用 点的代数连通强度剔除受外界因素影响过大的基因数据并用修正的特征计分准则进行汁分排序，选取具有 高计分的基因子集 ；接着利用近来流行的非负矩阵分解将该基因子集映射到极低维的特征空间；最后利用 SVM 分类器实现分类实验．通过几组公开的基因表达谱数据集的实验结果以及与其他方法的对比分析，验证 了该方法足有效的、可行的． 关键词 ：基因表达数据；点的代数连通强度；非负矩阵分解 ；修正的特征计分准则 中图分类号：TP18 文献标志码：A 文章编号：1000—2162(2015)0卜0092—05 Classificationoftumorgenebasedonthealgebraicconnectivity strengthofpointandnonnegativematrixfactorization WAN(Ninn，S()NG Hao，W ANG Qin—zi (KeyLaboratoryofIntelligentComputing SignalProcessing，MinistryofEducation， AnhuiUniversity，Hefei230039，China) Abstract：W iththerapiddevelopmentofI)NA microarray，usingtheexistingdataprocessing technologytoexcavategenedataefficientlyhasbecomeahotresearch in bioinformatits． Therefore。thispaperputsforward amethod which combinestnle algebraic connectivity strengthofpointwithnonnegativematrixfactorizationtocategorizethegeneexpressiondata processing．First。usethealgebraicconnectivitystrengthofpointtoeliminatetheuseless genesexpression data；then，scoreand rank thegenesexpressiondatabasedon revised featurescorecriterion；next，usenonnegativematrixfactorizationtomapthegenesubsetto afeaturespaceofverylow dimension；atlast，categorizethegeneexpressionbyusingSVM classifier．Somerepresentativegroupsofgene expression data areused fortest。and 1he feasibilityandeffectivenessofthisalgorithm hasbeenwellprovedbycontrasttestsbetween othermethods．