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系统生物学和生物分子网络 System biology and biomolecular network 2015 年春季学期 Life’s Complexity Pyramid A.-L Barabasi Z. Oltvai, Science, 2002 Butcher EC, Berg EL Kunkel EJ. Nature Biotechnology (2004) 22:1253 - 1259 什么是系统生物学 • 2nd International Conference on Systems Biology （ICSB, 2001): Systems Biology is the quantitative study of biological processes as whole systems instead of isolate parts. The goal of Systems Biology is the construction and experimental validation of models that explain and predict the behavior of biological systems. • 系统生物学是系统性地研究一个生物系统中所有组成成分 （基 因、mRNA、蛋白质等）的构成以及在特定条件下这些组分间 的相互关系，并分析生物系统在一定时间内的动力学过程。 • 系统生物学综合利用实验及计算模拟的手段来研究生物体系的 基本结构及动力学特性。 • 系统生物学研究的特点是多学科交叉性、定量性、综合性、可 预测性、精确性，特别是科学假说驱动下的生物学研究。 系统生物学的主要思想—整合 • 系统生物学与基因组学、蛋白质组学等各种“组学”的不同之处在于：它是一 种整合型大科学。 – 首先，它要把系统内不同性质的构成要素（基因、mRNA、蛋白质、生物小分子等） 整合在一起进行研究。 – 对于多细胞生物，系统生物学要实现从基因到细胞、到组织、到个体的各个层次的 整合。对组成部分或低层次的分析并不能真正地预测高层次的行为。如何通过研究 和整合去发现和理解涌现的系统性质，是系统生物学面临的一个根本性的挑战。 – 系统生物学整合性的第三层含义：研究思路和方法的整合。经典的分子生物学研 究—垂直型的研究（即采用多种手段研究个别的基因和蛋白质。首先在DNA水平上 寻找特定的基因，然后通过基因突变、基因剔除等手段研究基因的功能；在基因研 究的基础上，研究蛋白质的空间结构，蛋白质的修饰以及蛋白质间的相互作用等 等）；基因组学、蛋白质组学和其他各种“组学”—水平型研究（即以单一的手段 同时研究成千上万个基因或蛋白质）；系统生物学的特点—把水平型研究和垂直型 研究整合起来，成为一种“三维”的研究。 • 系统生物学还是典型的多学科交叉研究，它需要生命科学、信息科学、数学、 计算机科学等各种学科的共同参与。 / P4 Medicine: Personalized, Predictive, Preventive, Participatory 国内外有关计算与系统生物学建设情况 系统生物学研究的几个步骤 1. 数据收集、分析； 2. 生物网络模型建立； 3. 生物网络拓扑与动力学性质； 4. 生物网络行为预测与控制； 5. 新网络的设计。 相关的理论问题 robust systems/ feedback control/ structural stability/ redundancy/ modular design 生物分子网络 网络是复杂系统存在的普遍形式 公路交通网 互联网 社交网络