03-蛋白质三维结构.ppt

第三章 蛋白质的高级结构 一、蛋白质的一级结构 二、蛋白质的二级结构 三、蛋白质的三级结构 四、蛋白质的四级结构 五、稳定蛋白质三维结构的作用力 引言 蛋白质的多肽链并不是线形伸展的，而是按一定方式折叠盘绕成特有的空间结构。蛋白质的三维构象，也称空间结构或高级结构，是指蛋白质分子中原子和基团在三维空间上的排列、分布及肽链的走向。高级结构是蛋白质表现其生物功能或活性所必须的，包括二级、三级和四级结构。 一.一级结构（线性结构） 1、蛋 白 质 的 一 级 结 构 (primary structure) 指 它 的 氨 基 酸 序 列 。 一级结构 1969年，国际纯化学和应用化学协会经过讨论规定一级结构只指蛋白质分子中氨基酸残基的排列顺序，又称共价结构、主链结构。其内容包括：肽键、氨基酸的种类和数目，氨基酸的排列顺序、肽链数目、二硫键及酰胺基的位置等。 一级结构要点： 1.蛋白质通过肽键-CO-NH-这一基本方式连接而成。 2.每一种蛋白质都有相似的肽主链结构，各种蛋白质间的差异是蛋白质的氨基酸种类、数量及排列顺序不同。 3.氨基酸的α-NH2和α-COOH缩合，只有末端及侧链基团有化学活性。 4.每个蛋白质或每个蛋白质的亚基只有一个α-NH2 和α-COOH 5.分子量大于6000的活性肽才能称为蛋白质。 二 硫 键 多肽链＝通过可 旋转的α- 碳 原 子连接的酰胺平面链 提问：影响蛋白质构象的作用力有哪些？ 内力（内因） 蛋白质分子内各原子间作用力 外力（外因） 与溶剂及其他溶质作用力 内因为主，外因通过改变内因起作用 按不同种类内力以及产生的构象变化把构象划分为二、三、四级层次。 二面角 因为肽键不能自由旋转，所以肽键的四个原子和与之相连的两个α碳原子共处一个平面称肽平面。 肽平面内的C=O与N－H呈反式排列，各原子间的键长和键角都是固定的。肽链可看作由一系列刚性的肽平面通过α碳原子连接起来的长链，主链的构象就是由肽平面之间的角度决定的。主链上只有α碳原子连接的两个键是单键，可自由旋转。绕Cα－N1旋转的角称Φ，而绕Cα－C2旋转的角称Ψ。这两个角称为二面角。规定当旋转键两侧的肽链成顺式时为0度。取值范围是正负180度，当二面角都是180度时肽链完全伸展。由于空间位阻，实际的取值范围是很有限的。 它们广泛存在于天然蛋白质内。但各种类型的二级结构并不是均匀地分布在蛋白质中。某些蛋白质，如血红蛋白和肌红蛋白含有大量的α-螺旋，而另一些蛋白质如铁氧还蛋白（Trx）则不含任何的α-螺旋。不同蛋白质中β-折叠的含量和β-转角的数目也有很大的变化。 （一） ?-螺旋 α-螺旋是蛋白质分子中最常见、最典型、含量最丰富的很稳定的二级结构元件。 ①α-螺旋的结构特征： 螺旋方向为右手螺旋（天然蛋白质中几乎所有α螺旋都是右手螺旋）；每3.6个残基旋转一圈，螺距为0.54nm，每个残基占0.15nm； 氢键是α-螺旋稳定的次级键： 影响螺旋形成的因素（P208，熟悉） (1) R侧链对α-螺旋的影响 R侧链的大小和带电性决定了能否形成α-螺旋以及形成的α-螺旋的稳定性。 ① 多肽链上连续出现带同种电荷基团的氨基酸残基, (如Lys，或Asp，或Glu)，则由于静电排斥，不能形成链内氢键，从而不能形成稳定的α-螺旋。如多聚Lys、多聚Glu。而当这些残基分散存在时，不影响α-螺旋稳定。 ② Gly Cα的二面角（Φ角和Ψ角）可取较大范围，在肽中连续存在时，使形成α-螺旋所需的二面角的机率很小，不易形成α-螺旋。丝心蛋白含50%Gly，不形成α-螺旋。 ③ R基大（如Ile）, 造成空间障碍，不易形成α-螺旋 ④ R基较小，且不带电荷的氨基酸利于α-螺旋的形成。如多聚丙氨酸在pH7的水溶液中自发卷曲成α-螺旋。 ⑤ Pro脯氨酸的α-碳原子参与R基吡咯的形成，环内Cα-N，C-N肽键都不能旋转，脯氨酸形成的肽键不具有酰胺氢，不能形成链内氢键。因此，多肽链中只要存在脯氨酸或羟脯氨酸，α-螺旋即被中断，并产生一个结节。 (2) pH对α-螺旋的影响 多聚L-Lys，pH=7时，不能形成α-螺旋；pH=12时，可以 (3) 右手α-螺旋与左手α-螺旋 右手螺旋比左手螺旋稳定。蛋白质中的α-螺旋几乎都是右手。 (4) α-螺旋结构的旋光性 由于α-螺旋结构是一种不对称的分子结构，因而具有旋光性，原因：a:α碳原子的不对称性，b: 构象本身的不对称性。天然α-螺旋能引起偏振光右旋，利用α-螺旋的旋光性，可测定蛋白质或多肽中α-螺旋的相对含量，也可用于研究影响α-螺旋与无规卷曲这两种构象