25-鲫鱼PKR_likeZ_和d_GC_13_质粒的结合及其适应性进化.pdfVIP

细胞生物学杂志 Chinese Journal of Cell Biology 2008, 30: 494-498 鲫鱼PKR-like Za 与d(GC)质粒的 13 结合及其适应性进化 陶　敏　吴初新　杨　攀　胡成钰* (南昌大学生命科学学院,南昌 330031) 摘要　　Z 是一类能特异性识别与结合左旋DNA (Z-DNA)的蛋白质结构域,分布于不同物 种的多种蛋白质中,其结构保守并分化自一个共同的祖先Z-结构域。适应性进化分析显示Z 没 有经历正达尔文选择,表明与其结构对应Z 的功能相当保守。凝胶阻滞试验表明原核表达的鲫鱼 PKR-like Z 多肽(CaPZ)不与pMD18-T质粒结合,而却能与包含d(GC)的重组质粒pMD18-T/ 13 (GC)结合。同时,与ADAR1 Z相比, CaPZ与d(GC)质粒的结合能力较弱,即CaPZ1和CaPZ2 13 13 子域单独不能结合d(GC)质粒。这表明Z 功能虽然没有异化,但有很大的不同。实验结果还表 13 明负超螺旋和d(GC)可能都是正常生理条件下, DNA形成潜在Z-DNA必不可少的因素。定点突变 n 试验证实38N与60W两个氨基酸位点对于CaPZ 结合Z-DNA非常关键。 关键词　　PKR-like; Z ; d(GC);适应性进化; Z-DNA结合蛋白 n dS= )=1、1和1分别表示中性进化、负选择和正 Z结构域首先在ADAR1 (adenosine deaminases [7] [1] 选择作用(即适应性进化) 。分子进化中正选择的 acting on dsRNA)中得到鉴定 ,为一类能特异性识别 并结合左旋DNA (Z-DNA)的蛋白质结构域。目前, 出现,意味着该基因或蛋白质在进化中可能衍生出新 [8] 已在人类、哺乳类、鱼类和病毒中报道了多种包含 的结构或功能 。在此,利用该模型分析来自于不同 ZBP的Z 结构域的适应性进化。结果显示, Z 结 Z 结构域的蛋白质,统称为Z-DNA结合蛋白(Z-DNA [2] 构域没有受到正选择作用,而且序列上大多数位点可 binding protein, ZBP)。包括ADAR1、ZBP-1 、痘 [3] [4,5] 能处于中型或负选择状态,呈现出高度的进化保守 类病毒E3L、鱼类PKR-like (PKZ)。Z 无论 性。 在一级结构还是高级结构上都相当保守, Athanasiadis [6] 等 认为它们可能来源于一个共同的祖先Z结构域, 这个结构域的复制最终形成了两个结构域谱系(Z1, 1 材料与方法 Z2),每个都负责一个单独的功能。 1.1Za系统发生 鲫鱼PKR-like (CaPKR-like)在C端是与哺乳类 在GenBank检索ZBP家族序列及其编码序列,病 PKR同源的激酶催化区,而N端为Z 结构域(Z 1, 毒的E3L不含有Z2,因此这里不将E3L序列列入分 [4] 析群。蛋白质序列经 Z2)。因此, CaPKR-like同时具有干扰素系统中两 种重要的效应蛋白PKR和A