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分子遗传标记及其应用 摘要：分子遗传标记育种是一种新兴的分子标记技术，Abstract：Served as an newly rising genetic marker technique,molecule genetic markers is being widely used on molecule biology,especially in molecule genetic researches. This article gives a brief introduction of the conception and utilization of molecule genetic markers. Keywords:marker assisted selection；molecule genetic markers 分子遗传标记技术 1．1　分子遗传标记的定义 DNA分子遗传标记技术是一种新兴的分子标记技术，，DNA序列中，因此从理论上讲，DNA。，DNA序列中核甘酸的变异作为遗传标记成为了可能。，，：；； 1．2　分子遗传标记的作用 分子遗传标记能够在DNA水平上对编码和非编码序列的遗传变异进行检测，不受内外环境的影响；大多数分子标记多态性的信息含量很高；而且检测迅速、方便，无组织差异。由此可见，分子遗传标记是最理想的遗传标记，这决定了它能够得到迅速的发展，并能够广泛的应用于遗传育种研究和农牧生产的各个领域。 遗传标记主要有如下应用 （1）定位基因序列在染色体上的位置。 （2）构建遗传连锁图谱。 （3）定位数量性状基因座4）对与性状相关的候选基因和主基因进行鉴定。 （5）对动物种群遗传资源进行评估。 （6）进行系谱/血缘分析。 （7）分类学与分子系统学研究，进行系统发育分析和绘制生物进化树，研究基因结构和功能进化。 （8）胚胎的早期性别和性状诊断，为选择性坠胎术提供参照依据。 （9）动物基因身份证。 （10）遗传性疾病或遗传缺陷的诊断与分析。 （11）已知病原微生物的株型（毒力）、抗性分型。 （12）对混合感染和继发感染疾病进行诊断与分析。 （13）在分子遗传流行病学中的病源鉴定，毒力进化跟踪，传播途径、速度、媒介分析和流行规律分析。 （14）微生物群落的生态位检测。 （15）出入境病原、种质监测。 （16）转基因动植物上的应用。 （17）进行药物基因学（Pharmacogenomics）研究。 （18）分子育种（molecular breeding ）应用 （19）器官移植中的应用。 1．3　分子遗传标记的发展趋势 当前分子遗传标记的发展，有以下五个趋势： （1）对现有遗传标记技术进行优化与集成，降低检测成本，提高检测效率，组合已有标记技术，同时提高标记的靶向性，使反映的信息专一性更加突出。 （2）充分利用基因组结构的共性特征开发新标记，如重复序列、散在保守序列，新基因家族，启动子保守序列等，利用基因和基因内部模块“界标”保守序列，挖掘并利用基因组中编码元件与非编码序列的保守特征，从而发现更多更稳定、效应更显著的分子标记。 （3）开发揭示新遗传变异类型的标记，如表观遗传差异，表达丰度差异，表达模式差异等。 （4）标记开发向高通量方向发展，如SNP芯片，变性高效液相色谱DHPLC，基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱分析(matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry，MALDI-TOF)DNA分子遗传标记中，DNA限制性片段多态(RFLP)技术 RFLP技术是1980年美国学者Botstein首次发现的第1代分子标记技术[2]，，[3]，DNA 扩增片段单链构象多态(PCR - SSCP) 　 1989年，Orita M等[4]发现单链DNA片段呈复杂的空间折叠构象。这种立体结构主要由其内部碱基配对等分子内相互作用来维持。故当有碱基发生改变时，，DNA分子在聚丙烯酰胺凝胶中前进时受到的阻力不同，，，( single strand comformation polymorphism，SSCP) PCR-SSCP技术是把PCR技术和SSCP技术相结合，将PCR 扩增产物变性后， 置于碱性非变性聚丙烯酰胺凝胶中电泳，从而检测相应的遗传变异。 PCR-SSCP分析法的优点在于：操作简单，不需特别贵重的仪器，PCR 产物变性后无需特殊处理即可直接电泳；实验步骤少，周期短；所用试剂常见，成本较低；适合于进行大样本筛查，在做DNA测序之前采用此法，可以大大避免盲目测序所带来的麻烦，加快测序速度，PCR-SSCP既能分析DNA的多态性，结合软件分析后，还可以检测DNA序列中的各种突变，还可以应用到基因制图等领域。 1．4．3