人多肽链延伸因子1α四个反转录假基因的鉴别和定位IdentificationandLocalizationof4Retrop.pdfVIP

遗传HEREDITAS(Beijing)20(6):6一101998 ·Zip 究 乡民 -a.-- · 人多肤链延伸因子 1：四个反转录假基因的鉴别与定位 崔 峰 刘春宇 夏家辉 湖（南医科大学医学遗传学国家重点实验室，长沙 410078) 摘 要 人多肤链延伸因子 la基因EEFIA是一个在蛋白质合成过程中起重要作用的看家基因。通过对 已有GenBank,GDB等数据库的综合分析，鉴定了4个人类多肤链延伸因子 la基因的反转录假基因， 并分别将其精细定位于4825,7p15-21,9834和19813上。 关键词 多肤链延伸因子la，反转录假基因，定位 中图分类号 Q986 IdentificationandLocalizationof4Retropseudogenesofthe HumanPolypeptideChainElongationFactor-loc CUIFeng LIUChunyu XIAJiahui N（ationalLaboratoryofMedicalGenetics,HunanMedicalUniversity,Changsha410078) Abstract Thegeneforhumanpolypepttdechainelongationfactor-]a(EEFIA)isahouse-keepinggene whichplaysanimportantroleintheprocessofprotenisynthesis.Bymeansofcomprehensiveanalysisin thedatabaseofGenbank,GDBandect,weidentify4retropseudogenesofEEFIAandfinelylocalizedto 4g25,7pl5-21,9g34and19g13,respectively. Keywords Polypeptidechainelongationfactor-la,Retropseudogene,Localization 人多肤链延伸因子 Ice(EF-1幻是一种在蛋白质合成过程中起核心作用的蛋白质，它与延伸因子明和1共 同组成延伸因子 1复合物 E（F-1Complex)。在GTP水解释放能量的条件下，EF-la促进氨FJ-tRNA与核糖 体受位的结合。EF-1刀／ly则催化GDP的磷酸化，生成GTP供EF-1：使用。Nagatac1.2〕以及 Schirmaier)、Hovemann`4)、Luc”等详细研究了真菌、果蝇、老鼠和人的多肤链延伸因子la，发现除人以 外，其他生物的基因组中都存在一个以上拷贝的EF-1。功能基因和5-巧个相似序列。人多肤链延伸因子 I，由 8个外显子和7个内含子组成，编码462个氨基酸，定位于6g14,TaichiUetsukic6）与HanO.Madsonc7〕通过 Southern杂交、gDNA克隆限制性内切酶作图以及序列分析发现在人基因组中至少有20个与EF-lacDNA相 似的序列，并认为可能是反转录假基因 R（etropseudogene)。我们利用人类基因组大规模测序成果以及现有的数 据库进行综合分析，鉴定了其中4个假基因，并将其精细定位于4g25,7pl5-21,9834以及19g13. 1材 料 和 方 法 1.1软件与数据库 采用GCG的Seqlab9.1软件包进行核酸分析，核酸数据库为Genbank105.0版，EMBL53.0版。通过 Internet查询基因组研究所 （TIGR,theInstituteofGenomeResearch）和基因组数据库 （GDB,Genome Database). 1.2数据分析 6期 崔 峰等：人多肚链延伸因子 la四个反转录假基因的鉴别与定位 7 用人多肤链延伸因子 la(EF-la）的全长 cDNA序列 G（enbank:J04616编辑而成）对Genbank和EMBL 数据库作Blast分析，将得到的与之显著相似且有明确定位的BAC与该cDNA序列再作FastA分析． 将这些BAC中的非重复序列提取出来，分别与STS数据库和Genbank,EMBL数据库进行分析，得到定 位于这些