综合ChIP_chip数据_基因敲除数据与表达谱数据重构基因调控网络.pdfVIP

Research Papers 研究报告 生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biophysics 2010, 37(9): 996~1005 综合ChIP-chip 数据、基因敲除数据 和表达谱数据重构基因调控网络* 江丽华 李亦学 刘 琪** (上海交通大学生命科学技术学院，上海200240) 摘要 揭示生物体内在的调控机制是生物信息学的一项重要研究内容．各种高通量生物数据的涌现，为从基因组的尺度上重 构基因调控网络提供了可能．由于单数据源仅能提供关于调控关系的片面信息且存在噪声，因此整合多种生物学数据的方法 有望得到可靠性较高的调控网络．提出了一种综合ChIP-chip 数据、knock out (敲除)数据和各种条件下的表达谱数据来推断 调控关系的新方法．ChIP-chip 数据和knock out 数据能分别提供转录因子和目标基因对关系的直接物理结合和功能关系的证 据，这两类数据的整合有望获得较高的识别准确率．但这两类数据的重合性通常较低，基于共调控的基因通常具有较高的表 达相似性这一假设，在一定程度上降低了这两类数据重合性较低所带来的影响．算法所识别的大部分调控关系都被 YEASTRACT ，高质量ChIP-chip 数据和文献所验证，从而证明了该方法在调控关系的预测上具有较高的准确性．与其他方 法的比较，也表明了该方法具有较高的预测性能． 关键词 基因调控网络，ChIP-chip 数据，Knock out(敲除)数据，基因表达谱数据 学科分类号 310.6199 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2010.00184 基因调控网络是细胞协同各基因的功能来应对 的相似性将基因分成不同的模块，并根据转录因子 各种内部和外部刺激的重要途径．通过构建基因调 (transcription factor ，TF)与整个模块中基因表达的 [4] 控网络，可以解读生物组织内部基因及其产物的生 相关关系得到调控网络.Blanchette 等 运用支持向 成过程和复杂的调控关系，即在系统尺度上理解生 量机基于基因表达谱数据来预测调控关系．基于 物学进程． ChIP-chip 数据，研究人员对酵母、人和小鼠中某 基因网络的研究源于 20 世纪 60 年代， 些转录因子可能的目标基因进行了搜索． Kauffman [1]通过简单的逻辑规则对基因网络动力学 这些基于单数据源的方法虽然取得了一定的成 进行了研究．但由于当时实验条件和科技水平有 功，但由于单数据源通常只能提供关于调控关系的 限，研究发展缓慢．近年来，几大领域的发展为大 片面信息且实验本身存在的噪声，使得基于单数据 规模研究基因调控网络提供了契机．一是越来越多 源方法的性能受到限制．因此整合多种类型数据的 的生物全基因组序列的测定，以及高通量的实验技 方法有望提高重构网络的可靠性和覆盖率，从而成 术如基因芯片，染色质免疫沉淀(chromatin 为发展基因调控网络重构技术的必然趋势．人们在 immunoprecipitation ，ChIP) 与基因芯片相结合的 这一方面已经有了一些初步尝试，并取得了一些成 [5-8] ChIP-on-chip 技术的发展，为基因调控的研究提供 果 ．基本思路都是从多方面，而不是单方面来 了大量的数据．二是计算机技术的飞速发展，使得 大规模分析这些实验数据、全基因组范围内的扫描