氨基酸残基可及性和蛋白质家族成员结构的保守性.pdfVIP

维普资讯 动 物 学 研 究 1998，19 (2)：l”一l42 CN 53一io4o／Q ISSN 0254-5853 ZoolelgiealResearch 氨基酸残基可及性与蛋 白质家族成员结构的保守性 黄京飞 刘次垒 (中国科学院昆明动物研究 ’唼验室 昆明650223) 摘要 本文在细胞色素 c族蛋白和免疫球蛋白家族中一些蛋 白质片段的序列比较和分析的基 础上，通过计算其氨基酸残基的可及性，对残基可及性与蛋白质序列及其三维结构的保守性之间 的关系进行了分析和探讨。结果表明，序列 中凡是保守的残基，其可及性都较低，而且这些低可 及性的保守性残基与维持蛋白质特有的三维结构相关。作者认为，同一家族的蛋白质中，在进化 上相距较远的各成员之间，结构的保守性主要是体现在其三维结构上}序列中的保守性残基，对 于维持整个蛋白质分子特定的三维结构和功能有着重要的意义 此外，序列中的保守性残基一般 均位于其整个分子结构的内部，因而具有较低的可及性。鉴于 “可及性”本身只具有相对的意义， 故可及性较低的残基不一定是保守的，而保守的残基则是低可及性的。 关键词 残基打及性， 中图分； 蛋白质家族+保守性残基，结构保守性耋 { 蛋白质家族中各成员结构的保守性，包括其一级结构(序列)和三维结构的保守性，与 这些成员在分子进化过程中经历了一系列的结构变化之后，仍能够保持着相类似的功能有 密切的关系。研究表明，除了在进化上较为保守的同源蛋白质分子的序列和三维结构具有 较大的保守性外，一些在进化上相距较远的同一蛋白质家族中分子的序列也存在着一些非 常保守的残基，而对这些在进化上相距较远的蛋白质来说，它们的三维结构比其序列具有 更大的保守性(Bajaj等，l984)。蛋白质家族各成员结构的这种保守性，是 由于蛋白质分 子的功能对其约束的结果。蛋白质的三维结构与其序列中各氨基酸残基的物理、化学性 质，如疏水性和可及性等有着密切的联系，一般说来，两种折叠成为类似三维结构的氨基 酸序列具有高度一致的疏水性(Sweet等，1983)。此外，溶剂不可及的残基比那些位于分 子表面的溶剂可及的残基有较低的突变率(Chothia等，19861Hubbard等，1987jLim 等 1989)，不同可及性氨基酸残基的变异性和保守性大不相同，溶剂不可及的残基通常较 为保守(Overingtong等，1990，l992；Topharn等，1993)，因此，可及与不可及残基替 换模式的不同，反映了这两类残基保守性的差异(Wako等，1994)。为了进一步研究氯基 酸残基可及性与蛋白质结构保守性问的关系，本文在就细胞色素 e族蛋 白和免疫球蛋自家 族中一些蛋 白质片段的序列进行比较和分析的基础上，通过计算其氯基酸残基的可及性， 对残基可及性与蛋白质分子序列及其三维结构的保守性间的关系问题进行了分析和探讨。 ·云南省应用基础科学研究基金费助项 目 本文 1996—12—11收到，1997—05—04恬回 维普资讯 动 物 学 研 究 9卷 4O 5O ham — 。 ‘。 ‘。 — ‘— ‘— ‘ ’ ’ - GDVAKGI~IFVQK Bonito … … 一 — aD^啪 KXTF’VOK Rice 怒 晓 C550 一 一 ∞D^^髓船 _cx^删 Iq^啪 f1K00耵斟恤 w恻