基因芯片数据挖掘和肿瘤分子分型研究.pdfVIP

外科理论与实践 年第 卷第 期 2010 15 1 · · 83 综述 · · 基因芯片数据挖掘与肿瘤分子分型研究 郭 磊 综述 于颖彦 朱正纲 审校 ， 上海交通大学医学院附属瑞金医院外科 上海消化外科研究所 上海 （ ， 200025 ） 关键词 基因芯片 数据挖掘 肿瘤 分子分型 ： ； ； ； 中图分类号： 文献识别码： 文章编号： （ ） R730.26 A 1007-9610 2010 01-0083-04 当前 飞速发展的基因组 转录组 蛋白质组 代谢组等 [8] 和主成分分析法 ， 、 、 、 Clustering ） （Principal Component Analysis ， 组学 技术产生了海量研究数据 以基因表达谱芯片为例 等[9] “ ” 。 ， PCA ） 。 常用商用芯片的探针数约为 个 加上科学研究中对 分层聚类法 是应用最早 最广泛的基因表达谱芯 43 000 ， （HCL ） 、 样本数量与重复次数的要求 一次实验实际产生的数据量 片分析方法 将每个样品各归为一类 根据基因表达值计算 ， ， ， 异常巨大 对于 组学 研究产生数据的意义已非人眼所能 样品两两之间的距离 构成距离矩阵 合并距离最近的两 。 “ ” ， , 识别 需引入大规模计算机程序加以处理 一般而言 单个 类为一新类 计算新类与当前各类的距离后 再合并计算 ，