磺基异硫氰酸苯酯化学辅助方法对新蛋白质进行从头测序.pdfVIP

Vo l. 30 高 等 学 校 化 学 学 报 No. 4 2009 年 4 月 　　　　　CHEM ICAL JOURNAL OF CH IN ESE UN IV ER SITIES　　　　　 　 706 ～7 11 　 磺基异硫氰酸苯酯化学辅助方法对 新蛋白质进行从头测序 1 2 2 1 周新文 , 严 　钦 , 周 　珮 , 杨芃原 ( 1. 复旦大学生物医学研究院 , 2. 药学院 , 上海 200032) ( ) 摘要 　利用基质辅助激光解吸电离 串联飞行时间 MALD ITOFTOF 质谱结合磺基异硫氰酸苯酯化学辅助 ( ) 的方法对一种从拟青霉 Paecilom yces bain ier 分离纯化到的新人参皂苷 Rb 1水解酶的部分肽段进行了从头测 序. 共获得了这个新蛋白质 8条肽段的序列 , 一些磺化后信噪比非常低的肽段也获得了比较完整的序列. 同 时通过从头测序分析确定了一对甲硫氨酸非氧化和氧化肽段的序列. 结果表明 , 磺化后的肽段离子化效率 ( ) ( ) 大大增强 , 在 PSD 源后裂解 过程中只有肽键断裂产生的 C端的碎片离子系列 y离子系列 出现在质谱图 ( 中 , 图谱背景清晰 , 信噪比高 , 单纯的 y离子系列使得图谱解析变得非常容易. 将这 8条序列在 NCB I 美国 ) ( ) β 国立生物技术信息中心 数据库中进行 BLA ST 蛋白质序列比对工具 检索印证这种 葡萄糖甘酶是一个新 蛋白质 , 发现的两条相对保守的序列为进一步研究奠定了基础. 关键词 　磺基异硫氰酸苯酯 ; 基质辅助激光解吸电离 串联飞行时间质谱 ; 新蛋白质 ; 从头测序 中图分类号 　O657; Q51　　　　文献标识码 　A 　　　　文章编号 (2009) 04 070606 对于大多数基因组序列未知或者测序不全 , 蛋白质序列数据库有限的非模式物种的蛋白质 , 将其 定义为序列完全未知的新蛋白质 [ 1 ] . 要获得这一类新蛋白质序列 , 确定其结构和功能的相互关系 , 一 般是采用基于生物质谱分析的跨物种鉴定方法 [ 2 ] . 但由于物种之间同类蛋白质序列上的差异 , 这种跨 物种鉴定方法往往得不到按一般标准衡量的可靠结果. 此外 , 基于 N 端或 C端进行从头测序和相似序 列搜索结合的方法 , 由于需要的蛋白质量大 , 灵敏度和通量都较低 , 对于凝胶分离的蛋白质点或者条 带 , 这种方法获得的数据非常有限. 人参中起主要药效的是人参皂苷 [ 3, 4 ] . 人参皂苷 R g3 因在诱导肿瘤细胞调亡 、抑止肿瘤细胞增殖 和肿瘤转移等方面具有很强的抗肿瘤活性而备受关注 [ 5～9 ] . 与已有的抗肿瘤药物相比, 由于其副作用