脊椎动物肌动蛋白基因顺式转录因子的分布模式.pdfVIP

‘电子工程师) 1999年增刊 脊椎动物肌动蛋白基因 顺式转录因子的分布模式 吴加金 刘 涛 军事医学科学院基础医学研究所 国家生物医学分析中心生物医学信息实验室(北京，100850) 抽要 脊椎动物肌动蛋白各亚型的表达具有严格的与物种无关的组织特异性，本文改进和完瞢 了一种顺式因子匹配藕测方法，在实验资料的基础上，统计出5种顺式因子的棱昔酸分布权 重矩阵模式．对脊椎动物p细胞质亚型和a平滑肌亚型肌动蛋白基因的5’调控区进行麒式因 子的匹配预测和序列分析，获得了相应亚蛋的特异性的腰式因子编码分布模式，并分析了其 进化趋势． 关■词脊椎动物 叽动蛋白基因 5’调控区 顺式转录因子分布模式’ 基因表达模式的失常会导致各种病 以B型为多【w．各亚型的氨基酸序列同源性 变。一】，因而，调控表达模式的各种因子很可 非常高(90％)，其转录调控区序列却有较 能成为医疗潜在的有效目标ESJ。真核转录调 大差异。这种核酸序列的差异无疑是与转录 控的基本机制，一般观点是，反式转录调控因 调控紧密关联的。本文首先改进和完善了一 子分别与相应的顺式转录调控因子结合…， 种最新的模式匹配方法n“，然后利用实验得 而顺式因子有一定的分布模式，使反式因子 到的相关顸式因子的序列，统计出5种顺式 相互协调，共同对基本转录起始复合体进行 因子的核苷酸分布权重矩阵模式，对p细胞 直接或间接的调控作用嘲，不同的噘式因子 质型和n一平滑肌型的5’调控区的核酸序 分布模式。在很大程度决定着不同的特异性 列．进行了顺式因子的模式匹配分析和序列 表达模式聃】。 分析，获得了顺式因子的2种亚型特异性的 肌动蛋白家族在进化上极其保守，各成 编码分布模式，井分析了该模式的进化趋势。 员的表达具有物种无关的组织特异性口]。脊 1数据和方法 椎动物肌动蛋白家族至少编码6种蛋白，2 个横纹肌型“一心肌型，a一骨骼肌型)，2个 1．1 5’调控区桉酸序列数据以及■式转录 平滑肌型(n一血管平滑肌型，7一内脏平滑肌 因子序列数据的采集 型)，和2个细胞质型(p和7亚型)口]。成体肌 肌动蛋白基因5’调控区序列数据源自 肉细胞表达的肌动蛋白中以该肌肉亚型的为 EMBL核酸数据库第52版本(1997年lo 主口～112种细胞质型肌动蛋白则以不同的比 月)，本文5’调控区序列指转录起始位点上 率表达于不同类型的所有非肌细胞中，但总 游的序列。 ·本谋矗为自然科学基盒赍助嘎目(嘎目号 ·573· 吴加金，等：脊椎动物肌动蛋白基因顺式转录因子的分布模式 肌动蛋白转录调控研究中涉及到的资料 现频数，从而得到其核苷酸分布权重矩阵，并 较完善的、较重要的顺式因子有：SRF结合 按照公式l计算每个位置的保守性指数c (i)EnlI 位点、Elk一1结合位点、MyoD结合位点和 分别起抑制和增强作用的两种YYl结合位 C(f)=(100／ln5)× (1) 点，本文选取这五种因子作为分析对象，其序 [ =P(i，6)xlnP(i，6)+lnS] ÷∈^·C·G·n肿 列数据主要取自转录因子数据库TransFac O≤C“)≤100 第3．3版本(1998年1月)．