环境蛋白质组学和生物信息学研究进展.pdfVIP

环境蛋白质组学及生物信息学研究进展 吴兵 潘文杨 张徐祥 孙石磊 赵大勇 程树培* （南京大学 环境学院，南京，210093） E-mail （ wubingnju@ ） 摘 要：本文综述污染物分子毒性,及其环境蛋白质组学与生物信息学的理论知识和技术平 台。涉及蛋白质组学在分子生态毒理学和环境健康学等领域的研究与应用和高通量、高速度、 高灵敏的生物信息检测技术；本综述对于提高环境质量，导向人体健康和环境健康的科学研 究与安全预警，具有重要意义。 关键词： 环境蛋白质组学 生物信息学 分子毒性 环境健康 自人类基因组计划（HGP）完成之后，生命科学已进入了后基因组时代，即利用基因序 列预测表达的蛋白及其结构和功能[1-3] 。众所周知，基因在表达蛋白质的过程中，受到多种 因素的影响。一种基因可以表达出多种蛋白质，从而产生不同的功能与效应，所以仅仅根据 基因的序列，不能确定生命活动的规律。此外，基因所表达的蛋白质，自身还存在修饰加工、 转运定位、结构形成、代谢转化等过程以及蛋白质与蛋白质的相互作用过程；蛋白质与其它 生物大分子之间的相互作用过程等等；这些均无法从基因水平的研究中获得[3-5] 。因此，研 究细胞内全部蛋白质的组成及其活动规律的蛋白质组学(proteomics)也就应运而生，并在此 基础上形成了以研究环境污染物分子毒性与蛋白质组学之间规律为目的的环境蛋白质组学 （environmental proteomics ）。 环境蛋白组学，是蛋白组学和环境科学交叉融合的边缘领域。它的突出的目标功能是了 解并确证危险污染物对人体或对其它生命体所产生的分子毒性，发现和界定污染物对生物机 体蛋白的作用位点和作用方式，为维护人体健康与环境健康，提供控制标准与预警规范。中 国于 2001 年 5 月 23 日签约《POPs斯德哥尔摩公约》，参与控制与消除持久性有机污染物 -1 的浓度时，即可对人体产 （persistent organic pollutants, POPs ）的国际合作。POPs在 1mg/L 生致癌、生殖、免疫、神经等 4 类主要的分子毒性威胁，实验证实这些毒性与环境基因组学 有关（environmental genomics ），而大量的直接的证据则需要从环境蛋白组学进行探索研究。 1 环境蛋白质组学与污染物分子毒性 1.1 环境蛋白组学与污染物分子毒性 澳大利亚Wilkins和Willams等于1994年就提出了蛋白组(proteome)的概论。蛋白组是指由 一个细胞或一个组织或一个机体的基因组所表达的全部蛋白质及其活动规律[6-7] 。针对一个 细胞或一个组织或一个机体而言，只有一套基因组。而这一套基因组，随着条件与过程的变 化，可以表达出多套的蛋白组。我们把研究蛋白组总和的科学称为蛋白组学。蛋白组学当前 的任务是研究高度活跃动态的蛋白质组，是应用分离和识别大规模蛋白组的技术，研究蛋白 [5,8-10，11，12] 质的科学 。 环境蛋白组学，是应用蛋白组学的理论与技术，研究与解决环境问题的边缘交叉领域。 从暴露于污染环境的机体或细胞的蛋白质整体活动角度，揭示和阐明污染物对生命活动的影 响。环境蛋白组学的研究内容主要包括两部分： （1）研究暴露于污染环境中生命体的蛋白质表达模式，包括识别和量化表达的各种蛋 白质，以及蛋白质的细胞内外定位与修饰结果等。 （2 ）研究暴露于污染环境中生命体的蛋白质功能模式，包括蛋白质之间的相互作用与 - 1 - 反应过程，及其之间形成的网络关系与生物效应等。 蛋白质组学的研究方法，已经广泛应用于环境污染物的分子毒性检测 [13-14] ，不仅可以 高通量的发现污染物引发的蛋