二维液相分离与生物质谱(蛋白质组学).pdf

二维液相分离和生物质谱二维液相分离和生物质谱 高其康 Qkgao@zju.edu.cn 蛋白质组分离技术蛋白质组分离技术蛋白质组分离技术蛋白质组分离技术 The proteinThe protein Isolation technologyIsolation technology 凝胶电泳分离技术 色谱分离技术:二维色谱技术/多维色谱技术 毛细管电泳分离技术毛细管电泳分离技术 其它分离技术其它分离技术((离心等离心等)) 传统的传统的22DD凝胶电泳技术凝胶电泳技术 proteolysis elution peptides Mass SpectrometrySpectrometry 传统传统传统传统2D2D2D2D凝胶电泳的优点凝胶电泳的优点凝胶电泳的优点凝胶电泳的优点 方法发展早: 60 年代既已建立 7070 年代有所发展年代有所发展 • 近年中在方法标准化/凝胶条供应有比较大的发展, 为许多实验室和科学家所采用,有许多经验 • 国际国际上有网站有网站/数据库可供比较数据库可供比较,, 在早期蛋白质的研在早期蛋白质的研 究和蛋白质组的工作中发挥了不少作用, 但在后基 因组时代和蛋白质组时代的来临因组时代和蛋白质组时代的来临, 该方法已经面临该方法已经面临 着许多新的挑战 传统传统传统传统2222 DDDD凝胶电泳的挑战和问题凝胶电泳的挑战和问题凝胶电泳的挑战和问题凝胶电泳的挑战和问题 1.1. 对低丰度蛋白质的检测来说灵敏度不够对低丰度蛋白质的检测来说灵敏度不够 2. 是劳动密集性的工作/费力和费时的操作程序 3. 不同实验间蛋白质所在位置的漂移 4. 不能全面代表膜蛋白或疏水蛋白的真实情况 5. 某些蛋白质在等电聚焦缓冲液中低溶解度 66. 蛋白质间着色的差异引致定量的误差蛋白质间着色的差异引致定量的误差 7. 碱性蛋白检测难 8.8. 特大分子量的蛋白质的检测难特大分子量的蛋白质的检测难 9. 特小分子量的蛋白质的检测难 10. 蛋白质从1D 电转移到2D凝胶过程中的损失 11. 某些蛋白质带电荷的微不均一性 12. 易受污染 别 1313. 要求在变性的条件下进行要求在变性的条件下进行 二维液相分离技术二维液相分离技术 一一维色谱蛋白质分离的重现性维色谱蛋白质分离的重现性维色谱蛋白质分离的重现性维色谱蛋白质分离的重现性 Using the maximum protein mass of 5 mg for each injection, five successive injections ofof humanhuman plasmaplasma werewere mademade toto demonstratedemonstrate thethe ProteomeLabProteomeLab PFPF 2D2D systemsystem reproducibility. The first run is at the bottom and the fifth run is on the top. Each run is offset by 0.1 on the absorbance scale for easier viewing. 一一维色谱维色谱维色谱维色谱pHpHpHpH梯度的重现性梯度的重现性梯度的重现性梯度的重现性 ThisThis demonstratesdemonstrates thethe reproducibilityreproducibility ofof