生物信息学和其在蛋白质组学中的应用.pdfVIP

维普资讯 生 物 信 息 学 ChinaJournalofBioinformatics 专 论 与 综 述 生物信息学及其在蛋 白质组学中的应用 马袁君 ，程震龙 ，孙野青 (1．哈尔滨工业大学生命科学与工程系，哈尔滨 150001； 2．大连海事大学环境系统生物学研究所，大连 116026) 摘要：随着基因组学和蛋白质组学的发展，生物信息学在数据处理中的应用已经越来越广泛。作为数据处理中越来越重要的 分析手段，蛋 白质组学数据库是蛋 白质组学的主要内容之一。本文分另从生物信息学的蛋 白质双向电泳数据库和基于蛋 白 质质谱结果的数据库两个方面，概述了发展中的蛋白质数据库的最新动态和有关信息，同时对主要的热门蛋 白质组学数据库 站点和资源进行 了评价和分析。 关键词：生物信息学；蛋 白质组学；蛋白质组学数据库 中图分类号：Q51 文献标识码： 文章编号：1672—5565(2O08)一01—38—03 Bioinformaticsandapplicationinproteomics MAYuan—jan，CHENGZhen—longI，SUNYe—qingI (J． m哪 of蜘 s由 and西 咖 ，Harbininstituteoft~,tology，Harbin150001Olina； 2．InstituteofEmiwnm,mml s抑u 幽 ，DalianMaritimeu,a~ ay，Dalian116026China) ：Bioinfonnaficsplaysallimportantroleingenomicsandproteomiestoanalyzethevastdatafrom experiments．Reeendy，manylabs establishedalotofproteomicdatabases．Thisartidewillintroducethebioinfonnaticsandtheapplicationinproteomicswithdetailsonpro- lⅡcd81a【b8sIes． KeyWords：bioinformatics；pmteomics；database 1 引 言 质组数据库的主要内容即集中在基于双向电泳结果的数据 库和基于蛋白质序列信息的数据库。 20世纪 80年代，随着基因组学和蛋白质组学的发展，数 2．1 基于双向电泳图谱的数据库 据量迅速的增加，生物信息学(bioinfonnaties)就应运而生LlJ。 双向电泳技术是蛋白质组学研究中最重要的实验技术 之一 ，所以基于双向电泳图片的数据库也成了蛋白质组学研 它研究的重点 内容为基 因组学 (Genomics)和蛋白质组学 (Promomics)啦J。其在基因组学中的应用已经相当成熟 ，各种 究中主要内容。这些数据库有以下几个特点：(1)数据直观。 以蛋白质双向电泳图片为索引，将图片放在互联网上，每一 数据库已经被人们广泛的使用。而今，随着功能基因组学的 个蛋白点的信息(等电点、分子量等等)都可以通过点击图片 信息量不断的增加，生物信息学在蛋白质组学中的应用也显 上相应位置的蛋白点得到；(2)以蛋白质双向电泳图片为基 得越来越重要。 础，并与其他数据(蛋白质序列、结构和功能等信息)进行整