不同植物黄酮醇合成酶FLS生物信息学分析.pdfVIP

140 广东农业科学 2014 年第 13 期 不同植物黄酮醇合成酶FLS的生物信息学分析 黄 琼林 ， 蔡 春 （广东医学院， 广东湛江 524023 ） 摘 要：采用生物信息学方法和工具分析 19 种不同植物中的黄酮醇合成酶基因的核苷酸序列及编码氨基酸序 列，对其理化特性、功能结构域、亲/疏水性、二级结构、信号肽、跨膜结构域以及分子系统进化关系等进行预测和推 断，并构建分子进化树。 结果表明，不同植物FLS 基因的开放阅读框全长在 1.0 kb 左右，编码蛋白含330 余个氨基 酸，呈酸性，是一个没有任何信号肽、转运肽和跨膜结构域的亲水性蛋白。 不同植物FLS 氨基酸序列包含有黄酮醇合 成酶功能域，而且α-螺旋和不规则盘绕是其蛋白质二级结构的最大量结构元件。 19 个植物FLS 在分子进化树中主 要聚成3 小支，来源于同科植物的FLS 首先聚在一起，再与其他物种FLS 聚在一起，进化分析在一定程度上反映了 这些物种FLS 的进化关系。 关键词：黄酮醇合成酶； 生物信息学； 功能分析； 结构预测 中图分类号： 文献标识码： 文章编号： （ ） Q943.2 A 1004-874X 2014 13-0140-04 Bioinformatics analysis of flavonol synthase from various plants HUANG Qiong-lin, CAI Chun (Guangdong Medical College, Zhanjiang 524023, China) Abstract: In this study, the parameters of flavonol synthase from 19 plants, including physicochemical properties, functional domains, hydrophobicity or hydrophilicity, secondary structure, signal peptide, transmembrane regions, were analyzed and predicted by using bioinformatics methods and software, and the phylogenetic tree of FLS was constructed. The results revealed that the ORF of FLS genes contained about 1 000 nucleic acids and encoded approximate 330 amino acids, and the coding proteins were hydrophilic and acid protein with none signal peptide, transit peptide and trnasmembrane region. A flavonol synthase functional domain was detected in the amino acid sequences, and α-helix and random coil were the dominant motifs