基于置换距离度量蛋白质多序列比对算法性能评估.pdfVIP

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2015-08-07 发布于安徽
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基于置换距离度量蛋白质多序列比对算法性能评估.pdf

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第50卷第2期中山大学学报(自然科学版) VoL50No．2 201 ACTASCIENTIARUMNATURALIUMUNIVERSITATISSUNYATSENIMar．20ll 1年3月基于置换距离度量的蛋白质多序列比对算法性能评估+ 高峰1，李防震1，王琚2，董骝焕2 (I．山东经济学院计算机科学与技术学院∥山东省数字媒体技术重点实验室，山东济南250014； 2．中国科学院一马普学会计算生物学伙伴研究所，上海200031) 摘要：蛋白质多序列比对是一种重要的生物信息学工具，在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着重要的应用。各种比对算法在这个领域都取得了很大的成功，但是每种算法都有其固有的缺陷。提出置换距离法，对当前流行的几种蛋自质多序列比对算法进行对比评价。由于置换距离法仅关注于不同蛋白质间进化距离的相对次序，而不考虑这些进化距离之间的细微差异，因而得到的评价结论更具有鲁棒性。另外，采用最长公和Muscle多序列比对算法进行了性能评估。关键词：多序列比对；置换距离；最长公共子序；进化距离中图分类号：Q7 文献标志码：A 文章编号：0529—6579(2011)02—0087—06 PerformanceAssessmentofProtein MultipleSequenceAlignment BasedonPermutationDistanceMeasurement Algorithms GAO Liuhuan2 Fen91，LIFangzhenl，WANGJun2，DONG of Scienceand Provincial of (1．SchoolComputer Technology#ShandongKeyLaboratory Media Economic Digital Technology，ShandongUniversity，Jinan250014，China； 2．CAS·MPGPartnerInstitutefor at 20003 ComputationalBiology，CASShanghai，Shanghai1，China) isan bioinformaticstools．Ithas Abstract：Proteinsequence important multiple alignment important印一 in evolution and structure of plications analysis biological protein prediction．Avarietyalignmentalgo— inthisfieldhave has fithms achieved itsowninherentdeficien— greatSuccess．However，eachalgorithm cies．Inthis distanceis toevaluateseveral proposed protein align-