植物类防御素基因的预测与序列分析.pdfVIP

维普资讯 植物生理学通讯 第44卷 第2期，2008年4月 229 植物类防御素基因的预测和序列分析 李鑫，侯和胜 辽宁师范大学生命科学学院，辽宁大连 116029 提要：文章用已知的9种植物防御素基因为对照，根据DFCI数据库中28种植物的相关数据，进行BLAST同源性比对， 在24种植物中预测出115种新的类植物防御素基因。对它们进行序列比对、信号肽预测和进化树分析的结果表明：他们 与已知的植物防御素有很高的同源性，且具备植物防御素的基本特征。 关键词：植物防御素；基因预测；序列分析 PredictionandSequenceAnalysisofPlantDefensin-likeGenes LIXin，HOU He—Sheng’ CollegeofLifeScience,LiaoningNormalUniversity,Dalian,Liaoning116029,China Abstract：Withdefinednineplantdefensinsasreferences，twentyeightplnatspeciesdatabasehadbeensearched intheDFCIbyBLAST tofindhtehomologoussequences．Onehundrednadfifteennew plnatdefensin．1ike geneshadbeenfoundintwentyfourspecies．．nleresultsofsequencesalignment．signalPnadphyligenetic naalysisindicatedthatalltheonehunrdednadfifteendefensin-likegenesshowedhighhomologynadhadhte basiccharacteristicsofplnatdefensin． Keywords：plna tdefensin；geneprediction；sequencena alysis 植物防御素是一类小分子的(45～54个氨基酸 (Silverstein等2005)。因而认为，防御素的数量 组成)、呈碱性、富含半胱氨酸、具有复杂三维 被低估 了，它很可能是一个庞大的蛋 白家族 。 折叠结构的抗菌短肽。迄今发现的所有植物防御 本文对多种植物的类防御素基因进行预测和 素序列的氨基酸序列有高度的同源性，但又相当 序列分析，以期为以后的基因克隆和功能研究以 有限，只有 8个半胱氨酸是完全保守的。它的空 及大规模生产的后续研究积累基础性资料。 间模型含有3股反平行的D折叠和一个平行的0c螺 材料与方法 旋，其间以8个半胱氨酸形成的4个稳定的二硫 键连接，形成半胱胺酸稳定0cD模型(cysteine．sta— 从 目前已发现的植物防御素中选取9个为代 bilized0cBmotif)，又称Csal~结构模型。 表 ，它们是：拟南芥防御素PDF1．1(GenBank登 一 般来说，防御素基因在植物体 内表达的是 录号为AY961376)、PDF1．2(GenBank登录号为 一 个包含信号肽序列的蛋 白前体，此蛋 白通过翻 NM-l23809)、PDF1．3 (GenBank登录号为 译后加工而运输到细胞质外的空间后发挥防御素的 NM-l28l60)、PDF1．4 (GenBank登录号为 抗菌功能(Meyer等 1996)。植物防御素具有广谱 NM — l0l817)、PDF2．1 (GenBank登录号为 的抗菌性，起多种防御作用，包括抗真菌(Gao等 NM-l26272)、PDF2．3 (GenBank登录号为 2000；Cabral等2003；Lay等 2003a)、抗细菌 NM-l26273)、PDF2．5 (GenBank登录号为 (Koik