基因和蛋白质组数据分析报告.docVIP

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2015-08-10 发布于安徽
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基因和蛋白质组数据分析报告.doc

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基因与蛋白质组学数据分析实习1作业（生物序列的相似性搜索） 1. 使用entrez获取登录号为P26374的蛋白序列，然后通过blastp，搜索nr库中最相似的10个序列(只显示10个最相似的序列)。 Sequences producing significant alignments: (Bits) Value ref|NP_001812.2| choroideremia-like Rab escort protein 2 [Hom... 1366 0.0 emb|CAA45979.1| hCHML [Homo sapiens] 1361 0.0 ref|XP_514301.1| PREDICTED: choroideremia-like Rab escort pro.. 1356 0.0 ref|XP_537217.1| PREDICTED: similar to Rab proteins geranylge.. 1142 0.0 ref|XP_001491397.1| PREDICTED: similar to choroideremia-like ... 1122 0.0 ref|XP_863080.1| PREDICTED: similar to Rab proteins geranylge... 1114 0.0 ref|XP_610836.1| PREDICTED: similar to choroideremia-like pro... 1098 0.0 ref|XP_863055.1| PREDICTED: similar to Rab proteins geranylge... 1095 0.0 sp|Q9QZD5.2|RAE2_MOUSE Rab proteins geranylgeranyltransferase... 1035 0.0 ref|NP_067325.2| choroideremia-like [Mus musculus] gb|AAO157... 1032 0.0 即为：NP_001812.2 CAA45979.1 XP_514301.1 XP_002809299.1 XP_537217.1 EFB22118.1 XP_002717383.1 XP_001491397.1 XP_863080.1 XP_610836.1 2. 获取M25113序列，blastp搜索SwissProt 库中的相似序列。 P68871.2 P02024.2 P02025.1 P19885.2 P02032.1 P02028.1 Q6WN22.3 P68222.2 P68232.2 Q6WN28.3 3. 获取P03958序列，进行psi-blast搜索，看看结果和blastp搜索有什么不同。 Gn.Ex Type S .Begin ...End .Len Fr Ph I/Ac Do/T CodRg P.... Tscr.. 1.01 Init + 303 663 361 2 1 84 60 660 0.987 60.06 1.02 Intr + 2447 2615 169 0 1 115 95 332 0.999 36.12 1.03 Intr + 3821 3986 166 2 1 106 80 387 0.999 40.18 1.04 Intr + 4103 4342 240 1 0 70 51 433 0.525 36.08 1.05 Term + 5176 5286 111 0 0 113 47 159 0.983 13.16 1.06 PlyA + 5650 5655 6 1.05 2.03 PlyA - 5972 5967 6 -1.75 2.02 Term - 6149 6064 86 0 2 96 28 34 0.466 -3.69 2.01 Init - 6530 6473 58 2 1 74 102