MATLAB在代谢网络优化中的应用.pdfVIP

维普资讯 苇19卷第5期 无 锡 轻 I 大 学 学 报 V01．19．NO5 2000年 9月 JournalofW uxiUniversityofLightIndustry Sep ，2000 文章编号：1009—038X(2000105 0458—03 MATLAB在代谢网络优化中的应用 一 学 摘 要 ：生物代谢 网络是一个具有高度非线性的复杂袁统，如何对其进行适 当的优化，一直是代谢 I程领域的研究热点．MATLAB是一个应 用广泛的I程 计算软件，应 用于代谢 网络 的优化，能方 便、快捷得到系统的优化结果 ．作者以典型的代谢 网络 为模 型．通过对 目标代谢物浓度的优化来说 明MATLAB在代谢 网络优化 中的应用． 关键词：塑旦 ；旦堡 些； !坐 互 】生昔幻 中图分类号：Q493 文献标识码：A TheApplicationofM ATLAB intheMetabolicNetworkOptimization LU Jin。MA Hong—WU。ZHA0Xue—ming (SchoolofChemicalEngineeri~4．TianjianUniversity，Tianjin300072) Abstract：Biologicalmetabolicnetworkisasystem withhighnonlinearcharacteristic．How tooptimize itproperly isadifficulty in thefieldofmetabolicengineenng．MATIAB isasoftwareoftechnical computing，whichhasbeenusedwidelyinmanyareas Applyingittotheoptimization ofmetabolic network，theresultwasobtainedeasilyandquickly． KeyW~IdS：metabo licnetwork；networkoptimization；MATIAB 生物化学系统是一个非常复杂的网络系统，理 (包括中间代谢物和催化各步反应的酶)进行线性 解完整生化系统功能的中心问题是分子间相互作 化处理，通过在一定约束空间范围内搜索模型的最 用的大量非线性特性．传统的直觉和试差法难 以解 优解。可 以找出系统的最佳影响因素浓度分布 以 决，必须要用系统的数学模型和分析方法． 上这两种方法的缺点也是很明显 的 J．在 MCA中， 现在常用的网络分析方法有代谢控制分析 控制系数是系统在稳态附近的局部特征；BST中幂 (MCA)和生化系统理论 (BST)…，在 MCA中定义 律函数的动力学级次数是定义在原始稳态基础之 了弹性系数、控制系数等重要的表征参数，由控制 上的，当系统偏离原始稳态点时，二者的准确性都 系数的大小比较即可确定代谢网络中的限制性步 会显著降低，完整生化系统的各种调控机理只有用 骤和关键酶．从而为代谢工程方法提供了 目的位 非线性模型本身才能表达出来．因此需要用非线性 点 生化系统理论(BsT)则是基于模型的方法．将代 模型方法对代谢网络进行优化． 谢物浓度的变化用其生成速率和消耗速率两部分 表示．并以幂律函数的形式对各速率与其影响因素 收稿 日期：1999—12—23；修订 日期：2000—06—06 作者