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中国科学 E 辑: 信息科学 2007 年 第37 卷 第2 期: 175~182 《中国科学》杂志社 SCIENCE IN CHINA PRESS 基于DNA 技术的对称加密方法 1,2† 3† 4,2 5* 卢明欣 来学嘉 肖国镇 秦 磊 (1. 南京大学信息管理系, 南京 210093; 2. 中国科学院软件研究所信息安全国家重点实验室, 北京 100049; 3. 上海交通大学计算机科学与工程系, 上海 200030; 4. 西安电子科技大学综合业务网国家重点实验室, 西安 710071; 5. Queens University, Cancer Research Institute, Ontario, St. Kingston, K7L3N6, Canada) 摘要 DNA 密码是伴随着DNA 计算的研究而出现的密码学前沿领域. 文中结 合现代基因工程技术和密码学技术设计了一个对称加密系统—DNASC. 在 DNASC 中, 加密钥和解密钥是DNA 探针, 密文是特殊设计的DNA 芯片. 系统的 安全性主要基于生物学困难问题而不是传统的计算问题, 因而对未来的量子计算 机的攻击免疫. 加密过程是制作特殊设计的DNA 芯片(微阵列), 解密过程是进行 芯片杂交. 在DNASC 中, 数以万亿计的DNA 探针被方便地同时进行杂交并识别 出来, 从一定程度上体现了 DNA 在超大规模并行计算和超高容量数据存储方面 的巨大潜力. 关键词 对称加密 DNA 密码 DNA 计算 近年来, DNA 所固有的超大规模并行性、超低的能量消耗和超高密度的存储容量被开发 出来用于计算、数据储存以及密码学等领域. DNA 密码就是在这样的背景下诞生的. 类似于量 子密码, DNA 密码是传统密码系统的潜在替代与补充, 但二者在实现技术上大不相同. DNA 密 码系统的安全性不依赖于计算困难问题, 因此不管未来的DNA 计算机和量子计算机的计算能 力有多么强大, DNA 密码对这些计算机的攻击都是免疫的. 并且, 同量子密码相比, DNA 密码 更适用于安全的数据存储. [1—3] 新生的DNA 密码在理论和实现上都远未成熟, 有效的DNA 密码系统鲜见 . 这主要是 因为下述原因: 首先, 当前的DNA 技术主要处于试验阶段, 缺乏可用于DNA 密码中的成熟理 论. 其次, DNA 密码涉及交叉学科, 相关研究需要密码学家和生物学家的通力合作, 而这两个 领域在以往的研究中关联很少. 另外, 相关的核心技术如polymerase chain reaction(PCR)技术 和DNA 芯片(microarray)技术以及自动测序技术都是近年来才走向成熟. 密码学家要完全理解 这些技术, 需要一定的时间. 文中提出如下几点: 首先, 阻碍生物学发展的生物学困难问题在密码学中会有不同的用 收稿日期: 2006-07-12; 接受日期: 2006-10-24 * 联系人, E-mail: lq@post.queensu.ca † 同等贡献作者 176 中国科学 E 辑 信息科学 第37 卷 途, 有可能用来构建新型的密码系统. 本文提出了一个生物学困难问题,