水稻SBP基因家族的生物信息学分析（英文）.pdfVIP

第9卷 第 1期 生 物 信 息 学 Vo1．9No．1 2011年 2月 ChinaJournalofBioinformatics Mar．，2011 doi：10．3969／j．issn．1672—5565．2011．O1．020 水稻 SBP基 因家族的生物信息学分析 王 翊 ，胡宗利 ，杨妤欣 ，陈绪清 ，陈国平 (1．重庆大学 生物工程学院，重庆 400044； 2．北京市农林科学院北京农业生物技术研究中心，北京 100089) 摘 要：SQUAMOSAPROMOTERBINDINGPROTEIN LIKE(SBP)转录因子家族是植物特有的一类转录因子。本文确定了 20水稻基因组上编码 的SBP基 因。通过分类，染色体定位 ，保守区确定，亲缘关系，以及水稻 SBP家族 中的重复基因及该家族 成员形成蛋 白二聚体的可能性进行分析。其次利用了Affymetrix水稻基因组芯片数据，对所有这些基 因的表达谱进行 了分析。 结果表明，水稻 SBP基因在花和种子的发育过程中可能发挥重要作用，而其对环境胁迫却不敏感。这对进一步研究SBP的功 能提供 了有价值 的线索和思路。 关键词：SBP—box；水稻；基因芯片；表达谱 中图分类号：Q518．2 文献标识码 ：A 文章编号：1672—5565(2011)一01—082—07 BioinformaticsanalysisofSBP-boxgenefam ilyinrice WANG Yi，HU Zong．1i，YANG Yu—xin ，CHEN Xu．qing ，CHEN Guo．ping (1．CollegeofBioengineering，ChongqingUniversity，Chongqing400030，China； 2．BeijingResearchCenterofAgro—Biotechnology，Beijing100089，China) Abstract：TheSQUAMOSAPROMOTERBINDINGPROTEIN —LIKE (SBP)proteinscomposeafamilyoftran— seriptionalregulatorspresentexclusivelyinplants．Inthisstudy。weidentified20SBP—boxtranscriptionfactor— encodinggenesintherice(Oryzasativa)genome．AnanalysisofacompletesetofSBP—boxproteinsinriceis presented，includingclassification，chromosomallocation，conservedmotifs，andphylogeneticrelationship．Rela- tiveexpressionofallthesegeneshasbeenanalyzedbyusingAffymetrixricegenomearray7．Theresultsrevealspe— cificexpressionofSBP——boxproteinencoding——genesduringfloral transitionaswellaspanicleandseeddevelop—- ment．NoSBP——boxtranscription factor——encodinggenesinricedisplayeddifferentialexpressionpatternsin rice seedlingsinresponsetOabioticstress．Thisinformationwillbeimpo~antforfunctionalcharacterizationofSBPtran— scriptionfactorsinrice． Key