用DTW算法构建细胞色素c的进化树.pdfVIP

第 28卷 第 3期 计算机与应用化学 V_01-28．No．3 2011年 3月 28日 ComputersandAppliedChemistry M[arch．2011 用DTW 算法构建细胞色素C的进化树 白凤兰，李英，刘立伟 (大连交通大学理学 院，辽宁，大连 ，116028) 摘要：构建生物的细胞色素 c的进化树对蛋白质一级结构的种属差异的研究十分重要 。本文通过一维映射，将蛋白质一级序列 转化为时问序列 ，采用 DTW 算法来计算 2个时间序列之问的 DTW 距离 ，用 以量度序列之间的相似度，给 出比较蛋白质序列 相似性的度量新算法，用 以分析不同物种的细胞色素c蛋 白一级序列的相似性，构建序列进化树，得到较好的结果。本方法牧其 它方法简单快遮 ，为研究生物序列进化关系提供新 的丁段 。 关键词：DTW距离；细胞色素C：时间序列：进化树 中图分类号 ：Q71；92D20；92C40 文献标识码 ：A 文章编号 ：1001--4160(201I)o3—3l7-3I9 l 引言 似性，用距离法构建进化树 ，对蛋 白质一级结构的种差 异的研究及研究物种进化有应用意义。 各种生物都有进化过程 ，蛋白质作为生物体的牡小 成分，也有进化的过程。由于蛋臼质一级结构的测定方 2 蛋 白质时间序列 法 成熟与完善 ，在不 同属种中，不论蛋 白质的生物功 许多学者绘制出蛋 白质序列 的图形 ，希望得到数值 能相 同与 研究一级结构时，原米不同属种生物 的功能 相同的蛋白质分子，其一级结构有差异，差异的大小反 上的某些量 ，以便将蛋白质序列的研究深化到量，分析 映了它们的亲缘爻系和蛋白质分子的进化规律。尤其是 更加准确、具体[5-i2]。作者按某种规则将蛋 白质序列映 细胞色素 C分予一级结构的差异，与蛋 白质…级结构的 射成一维或多维离散的时间序列，表示为实数或复数 种属差异的研究_卜分重要 。凡是生物都需要氧 ，都有细 值，这种方法称为蛋 白质序列时序化 ，将蛋 白质序列转 胞色素 C。细胞色素 C分子的结构比较简单，大小合适， 化为时问序列。具体操作如下：设定一维映射：给蛋 白 容易纯化、结晶，测定也比较方便。另外 ，从进化上看， 质序列编号为具有 t个元素 的有 限全序集，它等 同于 细胞色素 C是很保守。据科学家统计，它的氨基酸顺序 []『=1，2，…，t．置 A，C，D，E，F，G，H，I，K，L，M，N，P，Q，R，S，T，V，W， 每200万年才发生 l％的改变。正因为它变化缓慢和保守， Y于 轴，即 所 以它到 目前仍然很原始。由于细胞色素分子存各种吸 1， M l1， C_÷2， N --+12， D 3， 氧的细胞 中均能找到，分析它就能知道它们的亲缘关系。 P 13， E 4， Q 14， F 5， R 15， 目前已测定了 100多种生物细胞色素 C的化学结构 ，经 G 6， S 16， 7， 71 17， ， 8， 比较后，画出了部分生物种属的进化系统。运用它们来 18， 9， l9， L l0， y 20． 确定物种问的亲缘关系，可为生物分类增添新手段。 当然 ，点町任意分配和排列 。根据蛋 白质序列时序化的 Dickerson等根据生物 的细胞色素 C一级结构的异 定义，作者得到与不 同长度的蛋 白质序列所对应的时问