微卫星标记及其应用研究探讨.pdfVIP

1微卫星及其优点 简单串联重复序列，由于重复的次数不同以及重复的程度不一致而产生序列的多态性，又 Sequence tandem， 称简单序列重复(Simple Repeats，SSRs)，短串联重复(short STRs)，简单序列长度多态性(Simplesequencelength 上不同长度的等位基因按简单的孟德尔方式遗传。 与以往的一些遗传标记(如表型标记、血液蛋白多态标记)相比，微卫星不仅多态性 布广、分布均匀、多态信息含量高、分析方便，适合进行自动化和半自动化检测，因而被 等，1998)。 利用微卫星标记对畜禽遗传多样性进行评估，可了解品种的遗传结构、生活背景，分 析其进化的历史和潜力，以及探讨品种濒危的原因和现状，从而为制定科学有效的保种策 略提供必要的基础信息以及作为判断某品种是否具有经济重要性状的补充数据。 早期研究显示，微卫星的种特异性很强，不同的物种需要使用不同的微卫星座位，因 而限制了微卫星技术在遗传多样性研究中的应用。随后，一系列研究证实对同属、科、目 的不同物种可以使用异种引物扩增微卫星，从而推动了微卫星分析的应用(曾岩等， 存在着不同程度的多态性，1个座位在山羊中为单态而在奶牛中却表现为多态。人们可以 知的座位具有许多好处，最大的优点是：引物和PCR反应条件已知，在优化反应条件上 不必花许多时间。因而，微卫星得到了越来越广泛的应用。 目前，国内外学者利用微卫星DNA标记对家畜和濒危、稀有物种的遗传多样性现状 做了大量研究和探讨。联合国粮农组织(FAO)在其持续发展和管理动物遗传资源的战 略计划中，也将微卫星作为优先推荐的分析工具，并制定了家畜品种遗传距离测定的全球 方案。 2微卫星在畜禽遗传资源评价中的应用 合于进行个体水平和种群水平上的研究，如品种归属判定、个体识别、亲缘关系鉴定、遗 传多样性和遗传结构分析等。 2．1品种归属判定 在现代家畜育种和生产中，通常需要利用畜群系谱，借助亲属信息来确定个体的选留 和选配，因此要求系谱记录非常准确。然而，在某些意外的情况下，如寄养、错领、母畜 ·48· 返情重配时，不能准确判断个体与后代的关系。微卫星标记因数量多，多态性丰富，检测 合微卫星标记的判别能力，一般用非父排除概率和累计排除概率来衡量。Jamieson等 (1997)给出了三种情况下非父排除概率的计算公式，即个体与双亲基因型均已知；个体 与单亲基因型已知；只有个体基因型已知三种情况，从而使得对微卫星标记的判别能力得 行检测，累计排除概率达到99．99％以上。 2．2个体识别 利用微卫星标记技术进行个体识别是保护遗传学和分子生态学的重要研究手段，从中 有把来自样本中的重复取样去除，才能准确计算种群的克隆多样性和遗传分化。目前常用 个体识别参数PcD，来判断从同一种群中任意选择的两个个体在多个位点上基因型完全一 是来自同一个体的重复取样。PcD，值的大小与检测的座位数、等位基因频率和种群大小 有关，由于微卫星具有高度的多态性，即使用较少的座位也可以在较大的种群中判断基因 型的异同，因此已成为最常用的个体识别手段。 2．3亲缘关系鉴定 由于具有较高的变异率和高度的遗传多态性，微卫星的等位基因在任何两个个体之间 几乎不可能一样(同卵双生除外)，这使得微卫星在亲缘关系鉴定中也找到了其价值所在。 过高的多态性可能影响不同群体间遗传参数的比较，致使亲子鉴定需要考虑突变因素，当 然也有研究者认为这种担心过分悲观(Scribner等，1994；van 等(1994)发表了他们在多种珍稀动物如大熊猫、大角羊的亲子鉴定以及个体识别等方面 开展的一些比较成功的工作。 微卫星在PCR扩增时，偶尔会出现“无效等位基因”(nullallele)，即无特异性扩增 产物。无效等位基因的存在会影响亲子鉴定的正确性，因此对那些已经知道存在无效等位 基因的座位，最好只使用父母双方都是杂合、而且两个杂合等位基因都能被扩增的数据 (张云武等，2001)。 2j 4分析种群的遗传结构 遗传结构是指基因或基因型在空间和时间上的非随机分布，种群的遗传结构包括种群 内的遗传变异和种群间的遗传分化。对遗传结构及其影响因子的研究是探讨生物适应意 义、物种形成过程及其进化机制的基础，也是保护生物学的核心之一。一个物种的遗传结 构是长期进化的产物，保护生物多样性的关键是保护物种，更具体地说就是保护物种的