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分子动力学模拟研究多肽Trp-cage的折叠机制.pdf
第32卷第8期 现代化工 Aug．2012
20I ModemChemical ·15·
2年8月 Industry
折叠机制
段莉莉，张庆刚
(山东师范大学物理与电子科学学院，山东济南250014)
摘要：蛋白质折叠是当前生物和化学领域研究的热点问题，是未来几十年物理、化学以及生物领域亟待解决的难题之一。
简述了蛋白质折叠所面临的问题，以及传统分子力场缺陷及其改进方法，并以1却-cage蛋白质为例介绍了国内外最近的研究
进展。
关键词：蛋自质折叠；分子动力学模拟；分子力场；静电极化效应；Trp--cage
中图分类号：Q518．4 文献标识码：A 文章编号：0253—4320(2012)08—0015—04
on mechanismofTi witllmolecular
Studyfolding p-cageproteins
simulations
dynamics
D泓Ⅳ“-li．ZHANG
Qing-gang
of and Normal
(CoUegePhysicsElectronics，ShandongUniversity，Jinan250014，China)
is in and field．Itisalsooneofthe
Abstract：Protein
foldinghighlightedcomputationalbiologychemistry urgent
tobe
neededsolvedinthenextdecades．nefor are introduced．Thedrawbacks
problems problemsproteinfoldingbriefly
inthe are
traditionalforce矗eldsandtheir methodsdescribed．Therecent for
improved developmentsprotein“ding
as reviewed．
mechanisms，takingTrp-cageproteinexample，are
Key field；electronic
words：proteinfolding；moleculardynamicssimulation；force polarizationeffect；娜-cage
级，最多达到微秒量级，对于功能至关重要的动力学
1蛋白质折叠
过程和作用机制，实验上很难捕捉到。近年来，随着
蛋白质是一种复杂的有机化合物，主要由20种 计算机能力的不断提升，全原子分子动力学模拟也
不同的氨基酸组成。氨基酸分子之间通过脱水形成 得到了广泛的应用，可以提供
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